塞繆爾·H·亨廷頓於1765年10月4日出生於康乃狄克的考文垂。他的父親約瑟夫·亨廷頓牧師(Reverend Joseph Huntington),是一位持自由主義觀點的牧師,是1633年從英國移民過來的西蒙·亨廷頓的後裔。他的外祖父埃比尼澤·迪沃申(Reverend Ebenezer Devotion)也是一位牧師,他的三個叔叔也是。當他還是個孩子的時候,和他同名同姓的叔叔——康乃狄克州第三任州長塞繆爾·亨廷頓(代表康乃狄克的《獨立宣言》簽署人)收養了他。
剛到俄亥俄州不久,亨廷頓就開始填補責任職位的空缺員局想。聖·克萊爾總督(Governor St. Clair)任命他為特朗布爾縣民兵中校,負責管理西部保留地的軍隊。1802年,他被選為道路監督員之一,同年被任命為治安法官,在季度會議法庭上享有優先權。他贊成建立州,反對聖·克萊爾總督的專制統治。1802年,他被選為俄亥俄州制憲會議的代表。