基於系統發育譜的細菌sRNA靶標發現及注釋研究

《基於系統發育譜的細菌sRNA靶標發現及注釋研究》是依託中國人民解放軍軍事科學院軍事醫學研究院，由查磊擔任項目負責人的青年科學基金項目。

基本介紹

• 中文名：基於系統發育譜的細菌sRNA靶標發現及注釋研究
• 項目類別：青年科學基金項目
• 項目負責人：查磊
• 依託單位：中國人民解放軍軍事科學院軍事醫學研究院

中文摘要

細菌sRNA是一類長度在40~500個核苷酸的調控小RNA，主要通過與靶標mRNA結合對靶基因表達進行轉錄後調控或直接與靶標蛋白結合調控靶標蛋白的活性，從而影響細菌的毒力基因表達、群體感應、環境壓力應答乃至耐藥性。因此，識別細菌sRNA靶標對闡明細菌sRNA功能具有重要意義。本項目擬基於進化共存的思想，綜合運用系統發育譜、層次聚類等技術，嘗試提出一種全新的細菌sRNA靶標發現方法並進行實驗驗證。此外，還將結合多套數據，構建綜合性的sRNA功能分析平台，從而對細菌sRNA靶標進行功能注釋、作用通路分析以及比較基因組學研究。本項目的開展，將為實驗發現細菌sRNA靶標並鑑定其功能提供高效的生物信息學支持，有助於加快細菌sRNA相關研究的進程。

結題摘要

在該課題資助下，根據項目研究內容，開展了四個方面研究：①建立了基於系統發育譜矩陣與聚類算法的大腸桿菌sRNA靶標預測流程；②開發了細菌sRNA靶標資料庫sRNATarBase3.0及sRNA功能線上注釋系統(http://ccb1.bmi.ac.cn/srnatarbase/)；③基於RNA-Seq 技術發現了福氏志賀菌新sRNA，並對其致病機制進行研究；④基於系統發育譜的人lncRNA功能注釋研究。這些研究為細菌sRNA或人lncRNA功能注釋提供了很好的生物信息學支持。