《基於基因集富集分析的奶牛全基因組關聯分析方法研究》是依託上海交通大學，由王起山擔任項目負責人的青年科學基金項目。
基本介紹
- 中文名：基於基因集富集分析的奶牛全基因組關聯分析方法研究
- 項目類別：青年科學基金項目
- 項目負責人：王起山
- 依託單位：上海交通大學
項目摘要,結題摘要,
項目摘要
揭示奶牛重要經濟性狀的遺傳機制以提高育種效率是當前奶牛育種研究的重要課題。基於基因集富集分析的全基因組關聯分析方法是探索複雜性狀遺傳機制的新策略，該方法即可檢測出與性狀關聯的SNP標記又可對這些標記的生物學意義給出充分解釋，因此特別適合複雜性狀遺傳機制的研究。但是在奶牛的套用研究中存在下列問題：①商業奶牛SNP晶片和dbSNP的注釋集合仍缺乏生物信息學系統研究；②奶牛群體有複雜的系譜結構；③許多性狀不是二分類性狀而是隨時間變化的動態性狀。有鑒於此，我們擬做三項工作：一是綜合不同來源的注釋工具，構建奶牛基因組SNP基因集資料庫及服務平台；二是建立奶牛全基因組SNP集關聯分析新方法，通過模擬和試驗研究驗證新方法的有效性和可行性；三是利用所建立的方法篩選出與產奶量顯著相關的SNP注釋集合。本項目的實施將發展奶牛全基因組關聯分析方法，並有助於更系統、深入地了解奶牛重要經濟性狀的分子遺傳機制。
結題摘要
揭示奶牛重要經濟性狀的遺傳機制以提高育種效率是當前奶牛育種研究的重要課題。基於基因集富集分析的全基因組關聯分析方法是探索複雜性狀遺傳機制的新策略。該方法既可檢測出與性狀關聯的SNP標記又可對這些標記的生物學意義給出充分解釋，因此特別適合複雜性狀遺傳機制的研究。但是在奶牛的套用研究中存在缺乏SNP注釋信息和含有複雜系譜結構等諸多問題。因此，在青年基金的支持下，我們做了如下三項工作：一是綜合不同來源的注釋工具，構建了奶牛基因組SNP基因集資料庫及服務平台；二是開發了基於單體型的關聯分析方法、候選基因集法（CGSA）和基於互補性狀特異分子親緣係數矩陣的全基因組關聯分析（SUPER）等奶牛SNP集分析方法及相應的分析平台，並通過模擬和試驗研究驗證了新方法的有效性和可行性；三是利用所建立的方法篩選出了與重要經濟性狀顯著相關的SNP注釋集合。本項目的實施發展了奶牛全基因組關聯分析方法，為更系統、深入地了解奶牛重要經濟性狀的分子遺傳機制奠定了基礎。
