《基於信息整合方法系統分析擬南芥基因型與表型的關聯》是依託華東師範大學，由崔健擔任項目負責人的青年科學基金項目。
基本介紹
- 中文名：基於信息整合方法系統分析擬南芥基因型與表型的關聯
- 項目類別：青年科學基金項目
- 項目負責人：崔健
- 依託單位：華東師範大學
項目摘要,結題摘要,
項目摘要
利用信息整合技術建立一個研究擬南芥基因型和表型相關性的綜合系統平台。通過收集表型突變體信息和生態型研究信息，整理擬南芥突變體的表型並擴展表型分類標準，完善植物本體（Plant Ontology）分類系統，建立一個數據全面，標準規範的擬南芥表型資源資料庫。同時結合生態型(Ecotype)中SNP位點信息，以及在個體分子水平上明確的突變體基因型(Genotype)與表型(Phenotype)的關聯，整合我們已構建的擬南芥蛋白質相互作用網路和基於擬南芥基因表達譜所建立的基因調控網路，探索基因跟表型的關聯。根據分子網路的拓撲學結構，並結合已知表型信息和生態型數據來分析基因的新功能，預測未知基因功能，提供一套系統研究基因功能和形成植物表型機制的分析工具。
結題摘要
通過對擬南芥表型變化突變系進行收集整合，結合己有的表型注釋資料和相關的突變表型圖片資源，借鑑突變體研究機構分類標準和植物本體（Plant Ontology）分類標準，輔以定量描述參數，對已有表型資源進行系統的分類注釋。同時，對影響表型的基因集進行功能富集分析，並整合已構建的擬南芥蛋白質相互作用網路，進一步證明相同表型的基因群在功能模組上的一致性。另外，通過構建並注釋整體基因型(Genotype)與表型(Phenotype)關係網路，表型與表型關係網路，建立研究基因型與表型間關係的研究方法。通過對分子網路拓撲結構等信息的分析，進一步發現了一些新的基因型與表型的關係，探索了新的基因的功能，為植物的育種等打下基礎。
