地理生態系統是包括從人體或生物到整個外部環境的多層次系統，研究化學元素或物質在這種不同系統中的傳輸和平衡，其內容十分豐富。隨著地學、生物學和化學等基礎科學的深入發展，生態化學地理的研究內容和深度也將一步步深化，當前生態化學地理研究以下內容或問題，而其核心在於研究地理生態系中化學元素的生態平衡及其生物和環境效應。
（1）研究地理環境各要素（或成分，重點是水、空氣以及能構成食物鏈的動植物等）化學元素（或物質）的含量水平、遷移轉化規律、賦存形態及其與生物的關係。
（2）研究生物機體化學元素組成的地域差異及環境和生物學特性的關係。由於機體各部位、各器官和組織對元素的必需性和貯積的程度不同，需要分別測定和研究，認真加以評價。對於人體和動物，可以有選擇性地研充各器官、組織、骨骼、肌肉、體液、毛髮、指甲和排泄物等；對於植物，研究其根、莖、葉、子實，還有樹木的年輪層等的化學地理特徵。
（3）研究某些生物體中有微量元素參與的生物活性物質的地域差異及其與環境化學元素濃度和生物學特性的關係。如某些金屬酶（谷胱甘肽過氧化物酶、黃嘌呤氧化酶、超氧歧化酶等）、激素、維生素等。
（4）研究元素異常（過剩或缺乏）區生物組織的元素構成（元素諧）及其與生物健康狀況的關係，同時與元素正常地區進行對比研究。
（5）研究地方病區、癌症高發區、心血管病高發區、污染危害區等環境各要素（成分）的化學組成和多元素對比分析。
（6）參考或配合元素營養化學和毒理學研究，在生態化學地理研究的基礎上，確定不同生物體的環境化學元素適宜濃度的範圍（即不同環境要素的元素適宜濃度上下限）。
（7）對不同地理生態系統進行元素生態平衡監測與估算研究，確定或預測其生命有關元素在給定地理生態系統中是否處於枯竭或富積，抑或是保持穩定與平衡的狀態，以便確定給定地理生態系中能為生物體提供必需元素的保證程度和比例關係，以及產生過剩積累危害的可能性。
