在皖南事變發生的時候,1941年1月1日,新四軍軍部致電毛澤東等,告以“我們決定全部移蘇南”,但對向蘇南轉移的具體路線未加說明。在此情況下,1月3日,毛澤東同朱德復電葉挺、項英:“你們全部堅決開蘇南,並立即開動,是完全正確的。”
1941年1月4日,新四軍皖南部隊9000餘人由雲嶺分三路向南出發。按照1940年12月28日新四軍軍分會的決定,具體的轉移路線是:由雲嶺駐地先向東南行進,繞道茂林,經三溪、旌德、寧國、郎溪,沿天目山麓進至溧陽蘇南根據地,然後待機北渡。1月5日,葉挺、項英報告中央:新四軍皖南部隊於1月4日夜開動,5日晨到太平、涇縣間茂林地區。
1月7日,毛澤東同朱德發急電複葉挺、項英,提出:“你們在茂林不宜久留,只要宣城、寧國一帶情況明了後即宜東進,乘頑軍布置未就突過其包圍線為有利。”但是,情況已發生變化。6日,新四軍行至涇縣境內的丕嶺一帶後,遭到國民黨軍第三十二集團軍總司令上官雲相指揮的7個師8萬餘人的包圍襲擊,新四軍被迫抗擊,殊死奮戰。至14日,除2000餘人突圍外,其餘6000餘人大部壯烈犧牲,一部被俘。
1月9日,劉少奇致電毛澤東等:“我江南遵令北移被阻,戰況激烈,請向國民黨嚴重交涉。”同日,劉少奇再電中共中央:項英、袁國平、周子昆等在緊急關頭已離開部隊,提議中央明令撤項職,並令饒漱石在政治上負責,葉挺在軍事上負責,以挽危局。
當天,毛澤東收到劉少奇的電報,才得悉皖南事變發生,但具體情況不詳,於是立即同朱德復電劉少奇,說:“九日電悉。你說項、袁、周已離開部隊,我們尚未接到此項訊息,他們何時離開的,現到何處,希夷、小姚情形如何,軍隊情形如何,望即告我們。”電報還說明,中央得葉、項5日電,說他們4日夜開動,5日晨到太平、涇縣間,此後即不明了。
1月10日,劉少奇致電毛澤東等,轉告葉挺、饒漱石9日電報內容,說明部隊受敵包圍激戰的情況。劉少奇說:“他們在何處及情形如何,我亦不知”。但“他們應從涇縣以北青弋江、宣城向郎溪東進才安全,而先向南行動,到茂林拖了許多天,致受敵包圍”。同日,項英等人離隊突圍不成,回到軍部。項英致電中共中央,報告與袁國平等離隊經過,表示“此次行動甚壞,以候中央處罰”。
1月11日,毛澤東同朱德、王稼祥復電劉少奇、陳毅:“你們轉來葉、姚電悉,葉、姚是完全正確的,望你們就近隨時去電幫助他們並加鼓勵,惟項英撤職一點暫不必提。”同日,毛澤東等致劉少奇即轉葉挺、饒漱石並全體同志電:“希夷、小姚的領導是完全正確的,望全黨全軍服從葉、姚指揮,執行北移任務,你們的環境雖困難,但用游擊方式保存骨幹,達到蘇南是可能的。”
1月12日,中共中央政治局召開會議,通過由毛澤東起草的中央關於新四軍由葉挺、饒漱石負責領導的指示電。指示電說:“中央決定一切軍事、政治行動均由葉軍長、饒漱石二人總負責,一切行動決心由葉軍長下,項英同志隨軍行動北上。”同日,中共中央書記處致電周恩來、葉劍英:“望向國民黨提出嚴重交涉,即日撤圍,放我東進北上,並向各方面呼籲,證明國民黨有意破裂,促國民黨改變方針,否則有全軍覆滅危險。”
同一天,毛澤東等通過劉少奇、陳毅致電葉挺、饒漱石:“你們當前情況是否許可突圍,如有可能,似以突圍出去分批東進或北進(指定目標,分作幾個支隊分道前進,不限時間,以保存實力,達到任務為原則)為有利。”電報還提到“應注意與包圍部隊首長談判”。
還是1月12日這一天,劉少奇、陳毅向中央建議:為答覆蔣介石對我皖南一萬人之聚殲計畫,“請朱、陳、羅準備包圍沈鴻烈,我們準備包圍韓德勤,以與國民黨交換”。
1月13日,毛澤東等復電劉少奇、陳毅,同意他們的建議,並指示:“限十天內準備完畢,待命攻擊”。“如皖南部隊被蔣介石消滅,我應堅決徹底乾淨全部消滅韓德勤、沈鴻烈,徹底解決華中問題”。在這個電報中,毛澤東第一次提出“我全國政治上、軍事上立即準備大舉反攻”。同日,中共中央以朱德、彭德懷、葉挺、項英的名義,發表包圍皖南新四軍通電。同一天,毛澤東等致電周恩來、葉劍英:“請向當局提出最嚴重交涉,如不立即解圍,我們即刻出兵增助,破裂之責由彼方擔負”,並囑立即散發抗議皖南包圍通電。
1月14日,葉挺在談判中被扣,皖南事變大規模的戰鬥結束了。同日,毛澤東起草致彭德懷、左權、劉少奇、陳毅等八路軍、新四軍各部將領及周恩來、葉劍英電,正式宣布:“中央決定在政治上軍事上迅即準備作全面大反攻,救援新四軍,粉碎反共高潮。”該電還指出軍事上全面大反攻的部署:“除已令蘇北、山東迅即準備一切,待命消滅韓德勤、沈鴻烈,同時發出最嚴重抗議通電,並向蔣介石直接談判外,我華北各部須遵前令,提前準備機動部隊,準備對付最嚴重事變。”