現行土地承包經營權流轉政策與法律中有關農地資源保護義務的專門規定只有零星的幾個條文。這些條文規定土地流轉當事人負有不得改變土地的農業用途的義務，以及不得擅自將耕地轉為非耕地的義務。如1995年國務院批轉農業部的《關於穩定和完善土地承包關係的意見》規定：在堅持土地集體所有和不改變土地農業用途的前提下，經發包方同意，允許承包方在承包期內，對承包標的依法轉包、轉讓、互換、入股，其合法權益受法律保護，但嚴禁擅自將耕地轉為非耕地。《農村土地承包法》第33條規定，土地承包經營權的流轉不得改變土地的農業用途。2005年農業部通過的《農村土地承包經營權流轉管理辦法》第12條規定：受讓方應當依照有關法律、法規的規定保護土地。禁止改變流轉土地的農業用途。此外，《物權法》第128條規定：土地承包經營權人依照農村土地承包法的規定，有權將土地承包經營權採取轉包、互換、轉讓等方式流轉，但未經依法批准，不得將承包地用於非農建設。
由於農地保護法律義務的非特定主體性，我國《憲法》、《土地管理法》、《農業法》、《基本農田保護條例》等一般性的法律\法規中有關農地資源保護義務的規定，同樣適用於土地承包經營權流轉中的各利益主體。這些義務主要有：
(1)一般的原則性義務。如《憲法》規定，任何組織或者個人不得用任何手段侵占或者破壞土地資源；《土地管理法》規定，任何單位和個人都有遵守土地管理法律、法規的義務等。
(2)不得隨意將耕地轉為建設用地的義務。國家實行土地用途管制制度，嚴格限制耕地轉為建設用地，確保耕地總量不下降。同時通過土地利用規劃制度、嚴格限制耕地轉為建設用地的程式制度以及實行耕地的占補平衡制度等確保耕地總量不下降。
(3)對基本農田進行特別保護，不得占用基本農田發展林果業和挖塘養魚的義務。國家設定基本農田保護區，對基本農田保護區內的耕地實行特殊保護。基本農田轉為建設用地不論數量多少都須經國務院審批。禁止占用基本農田發展林果業和挖塘養魚。
(4)維持地力的義務。法律禁止占用耕地建窯、建墳或者擅自在耕地上建房、挖砂、採石、採礦、取土等。
(5)不得拋荒的義務。法律禁止閒置、荒蕪耕地，實現耕地的及時利用。規定一定時期內，土地權利人若不對土地進行利用，要承擔繳納土地閒置費甚至喪失土地權利的後果。
從上述規定來看，土地流轉中的農地資源保護義務具有如下特點：一是義務主體的多樣性。不僅土地流轉當事人負有農地資源保護義務，而且農村集體經濟組織、基層政府也負有農地資源保護義務。當然，前者主要表現為經營性義務，而後者則主要表現為監督性義務。二是內容上的多重性。即不僅包括維持農地用途、耕地用途的義務，而且還負有維持地力以及不得拋荒的義務。此外，還包括法律、法規規定的其他義務以及土地承包經營權流轉契約雙方當事人約定的義務。三是耕地資源保護義務上的差異性。即各利益主體在基本農田與非基本農田的保護義務內容上有不同。對於前者，法律不僅嚴格限制借土地流轉之名將基本農田轉為建設用地，而且禁止借土地流轉之名將基本農田用於發展林果業和挖塘養魚；而對於後者，法律僅禁止其用於非農建設，並不禁止土地受讓人將之用於發展林果業和挖塘養魚。四是性質上主要表現為公法義務。《憲法》、《土地管理法》、《農村土地承包法》、《農業法》、《基本農田保護條例》等有關法律、法規中規定的農地資源保護義務都具有強制性，當事人不履行的要承擔相應的民事、行政甚至刑事責任。
