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組成
國家電子口岸建設協調指導委員會由國務院分管副秘書長任主任委員，海關總署分管領導任副主任委員，成員為發展改革委、公安部、財政部、鐵道部、交通部、信息產業部、商務部、人民銀行、稅務總局、工商總局、質檢總局、環保總局、民航總局及外匯局等部門的分管領導。電子口岸委辦公室（以下簡稱電子口岸辦）設在海關總署，承擔電子口岸委的日常工作。電子口岸委設聯絡員，由電子口岸委組成人員單位有關司局負責同志擔任。
主要職責
貫徹國務院關於加強電子政務和電子口岸建設的各項部署；指導全國電子口岸建設工作，協調解決電子口岸建設中的重大問題；審定電子口岸建設中長期發展規劃、年度計畫；承辦國務院交辦的其他有關工作。
組成人員單位主要職責
參與電子口岸建設中長期發展規劃、年度計畫等重大問題的研究決策；貫徹落實電子口岸委議定事項；研究提出本部門電子口岸建設發展規劃及年度工作計畫；負責本部門電子口岸聯網套用項目的立項、開發、測試、驗收、培訓和推廣套用工作；制訂本部門業務流程、操作規範和應急措施；負責指導協調下屬機構參與地方電子口岸建設等。
電子口岸辦主要職責
電子口岸辦作為電子口岸委的辦事機構，負責組織擬訂電子口岸規章、規範，匯總、整理電子口岸委組成人員單位提出的電子口岸發展規劃及年度工作計畫；督辦電子口岸委議定事項；推動部門間聯網和數據交換；建立與電子口岸委組成人員單位及地方電子口岸建設協調機制辦事機構的工作聯繫；承辦電子口岸委全體會議和聯絡員會議、組織專題調研、溝通匯總信息、定期通報情況、開展宣傳工作；辦理電子口岸委交辦的其他事務。
議事制度
電子口岸委實行全體會議、專題會議、聯絡員會議和項目工作組會議制度。
電子口岸委全體會議。主要任務是審議電子口岸工作制度、中長期發展規劃及年度計畫等電子口岸建設全局性問題。全體會議原則上每年召開一次例會，由電子口岸委主任委員批准並召集，全體組成人員出席，電子口岸辦主任和全體聯絡員列席。會議以會議紀要形式明確議定事項，經電子口岸委主任委員審定後印發各組成人員單位。
電子口岸委專題會議。主要任務是專題研究解決電子口岸建設中某個方面的重要問題，協調、統一相關單位的意見，推動專項工作。專題會議根據工作需要不定期召開，由電子口岸委主任委員委託副主任委員或成員召集，其他相關成員出席，電子口岸辦主任和有關聯絡員列席。會議以會議紀要形式明確議定事項，經與會成員會簽、由召集人審定後印發各組成人員單位。
聯絡員會議。主要任務是通報情況、聽取意見，研究提交電子口岸委議定的有關事項。聯絡員會議原則上每半年召開一次例會，也可根據需要召開，由電子口岸辦主任召集，全體聯絡員出席。
項目工作組會議。主要任務是研究確定相關聯網套用項目的業務需求、方案設計，推動聯調測試、驗收、培訓和推廣等工作。項目工作組成員由聯網各方和中國電子口岸數據中心派員組成。需電子口岸辦幫助協調的，電子口岸辦也可派員參加。項目工作組組長、副組長由組成人員單位另行商定。項目工作組會議根據工作需要不定期召開，由工作組組長或副組長負責召集。
全國電子口岸建設信息溝通制度
電子口岸辦不定期編印《國家電子口岸工作簡報》，溝通和通報電子口岸建設情況。《簡報》由各組成人員單位及地方電子口岸建設協調機制辦事機構提供稿件。
組成人員名單
主任委員：徐紹史 國務院副秘書長
副主任委員：李克農 海關總署副署長
成 員：畢井泉 發展改革委副主任
張新楓 公安部副部長
廖曉軍 財政部副部長
胡亞東 鐵道部副部長
徐祖遠 交通部副部長
苟仲文 信息產業部副部長
廖曉淇 商務部副部長
蘇 寧 人民銀行副行長
崔俊慧 稅務總局副局長
劉玉亭 工商總局副局長
葛志榮 質檢總局副局長
張力軍 環保總局副局長
楊國慶 民航總局副局長
鄧先宏 外匯局副局長
