國家蛋白質科學中心(北京基地)位於中關村生命科學園內，由軍事醫學科學院、清華大學、北京大學、中科院生物物理研究所等單位共同建設。其重點建設蛋白質組分析系統和功能蛋白質組研究系統，同時建設以生物信息學、蛋白質/抗體製備、生物資源庫、模式動物等為核心的支撐系統。該中心還承擔了國家科技部“中國人類蛋白質組計畫（CNHPP）”研究工作。
2015年10月14日，依託國家重大科技基礎設施組建的國家蛋白質科學中心(北京基地)正式開始試運行。北京市副市長隋振江、總後勤部副部長李書章、中科院副院長張亞平，中央單位和市屬單位以及軍事醫學科學院等建設單位領導出席活動。市科委黨組成員、北京科技協作中心主任季小兵代表北京市科委出席活動。
落成後的國家蛋白質科學中心(北京基地)毗鄰北京生命科學研究所、北京蛋白質組研究中心、生物晶片國家工程研究中心、蛋白質藥物國家工程研究中心、北京大學國際醫院等多家高水平的科研機構和產業化基地。中心大樓面積近4萬平米，擁有高通量、高精度的蛋白質組研究平台、蛋白質功能分析平台、生物信息學平台、轉化醫學平台以及實驗動物中心、生物樣本庫等系列配套設施，形成系統完善的蛋白質研究體系，主要開展蛋白質組學、代謝組學、蛋白質功能等創新研究，目前已經具備世界領先的蛋白質組大數據產出能力，將為全世界提供高水平和一站式的蛋白質組分析服務。其研究成果將廣泛套用和服務於疾病診斷標誌物、新藥創製、傳染病防治、農作物改良、生物能源轉化等多個領域發展。
