基礎醫學院前身是始建於1978年的基礎醫學教學部，並2002年11月正式更名為基礎醫學院，2008年11月生物醫學工程系併入基礎醫學院，2012年9月少數民族定向醫學生辦公室成立，歸入基礎醫學院。目前，臨床醫學、臨床卓越醫師、臨床定向（本科）、麻醉學、檢驗技術、醫學影像專業前兩年半學生管理許可權歸基礎醫學院。基礎醫學院是集教學、科研、學科與專業建設、實驗室建設、人才培養、黨的建設和學生管理等功能為一體的綜合性二級院系。
教學設施,師資力量,
教學設施
現有辦公室、教務科、研究生科、學生科4個職能科室和8個學生工作辦公室。有12個教研室（生理學、人體解剖學、生物與遺傳學、生物化學、組織胚胎學、病理生理學、免疫學、病原生物學、化學、數學與信息技術、物理與電子技術、醫學工程技術等）；1個省級醫學基礎實驗教學中心（由形態學實驗室、機能學實驗室、病原生物學與免疫學實驗室、人體解剖學實驗室、生物化學與分子生物學實驗室、醫學化學實驗室等6個實驗教學平台組成）；1個省級虛擬仿真實驗教學中心；1個醫學科研試驗中心（由腎功能保護研究室、法醫與分子病理學實驗室及化學分析實驗室等8個研究室組成）；3個專業實驗室（大學物理、醫學信號處理、電子技術等）和1個計算機中心。
師資力量
基礎醫學院擁有一支年齡、學歷、職稱結構較為合理的專業技術人員隊伍。現有教職工207人，其中專任教師149人，實驗技術人員41人，行政管理人員5人，學生輔導員12人；正高級職稱26人，副高級職稱59人；在崗博士20人，碩士126人，出國留學人員13人，碩士研究生導師43人。有四川省學術與技術帶頭人3人，四川省學術與技術帶頭人後備人員6人；享受政府津貼者4人；全國優秀教師2人；省級教學名師2人， 省級優秀教師1人，校級教學名師3人，校級骨幹教師15人；省勞模1人，市勞模1人；市級以上先進工作者16人。
