札巴僧格於元元統元年(1333)建乃囊寺成為該系的主寺。第二世喀覺旺布；第三世卻貝意希；第四世卻札意希，於明弘治三年(1490)在拉薩西北建羊八井寺，替代乃囊寺的主寺地位；第五世貢卻演拉；第六世為卻吉旺秋，支持藏巴汗政權反對格魯派，將蒙古卻圖汗的軍隊引入西藏，後卻圖汗之子阿爾斯蘭轉而支持格魯派時，將他殺死在藏北當雄；第七世耶歇寧波；第八世卻吉頓朱，於清雍正九年(1731)和黑帽系第十二世絳曲多吉應召進京朝見雍正帝，次年二人先後卒於北京；第九世卻吉尼瑪；第十世卻朱加措，為第六世班禪貝丹益西的同母異父之兄，曾引廓爾喀軍隊兩次入西藏。乾隆五十五年(1790)， 乾隆帝派福康安入藏破廓爾喀， 卻朱加措自殺。清政府下令以叛國罪論處，將其骨殖分掛各寺示眾，沒收羊八井寺的財產，並禁止其活佛轉世，紅帽系從此斷絕。
