啟動子轉錄起點是指與新生RNA鏈第一個核苷酸相對應DNA鏈上的鹼基，研究證實通常為一個嘌呤。常把起點前面，即5'末端的序列稱為上游(upstream)，而把其後而即3'末端的序列稱為下游(downstream)。在描述鹼基的位置時，一般用數字表示，起點為+1，下遊方向依次為+2、+3……，上遊方向依次為-1、-2、-3……。
轉錄的起始是基因表達的關鍵階段，而這一階段的重要問題是RNA聚合酶與啟動子的相互作用:啟動子的結構影響了它與RNA聚合酶的親和力，從而影響了基因表達的水平。大多數啟動子均有共同順序(consensus sequence)，只有少數幾個核苷酸的差別。
