根據自治區黨委辦公廳、自治區人民政府辦公廳《哈密地區行政公署機構改革方案》(新黨廳字〔2011〕56號)和中共哈密地委、哈密地區行署《哈密地區行政公署機構改革方案實施意見》(哈地黨辦發〔2011〕59號)及《關於印發哈密地區環境保護局主要職責內設機構和人員編制規劃的通知》（哈行辦發〔2011〕132號）精神，設立哈密地區環境保護局，為行署工作部門。（註：2017年2月哈密地區“地改市”，更名為哈密市環境保護局。）
主要職責,內設機構,
主要職責
哈密市環保局於1992年成立，2002年核定行政編制7人，為全額預算管理單位。2005年，哈內設污染控制監督管理科、辦公室、生態科3個科室。下轄區環境監測站、環境監察支隊和羅布泊野駱駝國家級自然保護區哈密管理站3個事業單位。2011年，根據自治區黨委辦公廳、自治區人民政府辦公廳《哈密地區行政公署機構改革方案》(新黨廳字〔2011〕56號)和中共哈密地委、哈密地區行署《哈密地區行政公署機構改革方案實施意見》(哈地黨辦發〔2011〕59號)及《關於印發哈密地區環境保護局主要職責內設機構和人員編制規劃的通知》（哈行辦發〔2011〕132號）精神，內設科室調整為綜合業務科、環境影響評價和污染物排放總量控制科(簡稱環評總量科)、自然生態保護科。下轄環境監測站、環境監察支隊、羅布泊野駱駝國家級自然保護區哈密管理站、輻射環境監測站4個事業單位。（註：2012年哈密市機構編制委員會《關於成立哈密地區輻射環境監測站的批覆》（哈地機編字【2017】19號））。
內設機構
(一)綜合業務科
負責文電、會務、機要、檔案等機關日常運轉工作;承擔黨群、幹部培訓、離退休幹部、信息、安全、保密、信訪、政務公開、機關財務、國有資產管理、內部審計等工作;
負責紀律檢查和行政監察工作;負責推進依法行政工作。
組織擬訂地區環境保護條例、規章，並監督實施;組織編制地區環境保護功能區劃、環境保護規劃;協調、審核環境保護專項規劃;組織實施政府環境保護目標責任制，組織實施地區環境保護領域固定資產投資計畫。
負責環境監測、環境監察、城市環境綜合整治定量考核管理工作;負責水體、大氣、土壤、噪聲、光、惡臭、固體廢物、化學品、機動車的污染防治管理工作;負責核安全、輻射安全、放射性廢物管理工作;負責許可權核心發從事收集、儲存、處置危險廢物經營活動單位的經營許可證工作;負責突發環境事件應急管理工作，調查評估地區環境質量狀況並進行預測預警，組織編制地區環境狀況公報，發布地區環境綜合性報告和重大環境信息;組織協調環境污染事故和生態破壞事件的調查處理。
負責環境保護科技工作;負責環境保護宣傳教育規劃工作;參與指導和推動循環經濟和環保產業發展工作;組織開展生態文明建設和環境友好型社會建設的宣傳教育工作;組織協調環境保護國際合作交流。
(二)環境影響評價和污染物排放總量控制科(簡稱環評總量科)
負責污染排放許可證(含水污染)審批和發放工作;按照國家總量減排目標提出地區總量控制計畫並組織實施;督查考核各地總量控制計畫完成情況;負責環境統計和污染源普查工作。
承擔規劃環境影響評價、政策環境影響評價、項目環境影響評價綜合管理工作;負責許可權內建設項目環境影響評價報告書(表)的審批和建設項目竣工環境保護驗收工作;協助管理環境影響評價機構資質和相關職業資格;提出區域限批、流域限批和行業限批的建議並組織實施。
(三)自然生態保護科
指導、協調並監督生態保護工作;組織編制生態保護規劃;向地區提出新建地區級自然保護區審批建議;組織開展生物多樣性保護、生物遺傳資源、農村生態環境保護工作;開展地區生態狀況評估;指導生態示範創建與生態農業建設;參與生物安全管理工作。
