吐魯番市生態環境局是吐魯番市人民政府工作部門。
主要職責,內設機構,二級機構,
主要職責
（一）負責建立健全生態環境制度。貫徹執行國家、自治區生態環境政策、規劃，會同有關部門擬訂吐魯番市生態環境政策、規劃並組織實施，起草地方性法規、市政府規章草案。會同有關部門編制並監督實施重點區域、流域、飲用水水源地生態環境規劃和水功能區劃，貫徹執行國家和自治區的生態環境標準和技術規範。
（二）負責較大生態環境問題的統籌協調和監督管理。牽頭協調較大生態環境污染事故和生態破壞事件的調查處理。指導協調區、縣政府對較大突發生態環境事件的應急、預警工作。牽頭指導實施生態環境損害賠償制度，協調解決有關跨區縣生態環境污染糾紛，統籌協調吐魯番市重點區域、流域生態環境保護工作。
（三）負責監督管理吐魯番市減排目標的落實。貫徹落實自
治區污染物排放總量控制、排污許可制度並監督實施。按照自治區總量控制計畫提出實施總量控制的污染物名稱和控制指標並監督實施，監督檢查各區縣污染物減排任務完成情況，實施生態環境保護目標責任制。
（四）負責環境污染防治的監督管理。根據國家大氣、水、土壤、噪聲、光、固體廢物、化學品、機動車等的污染防治管理制度，擬訂吐魯番市污染防治管理制度並監督實施。會同有關部門監督管理飲用水水源地生態環境保護工作，組織指導城鄉生態環境綜合整治工作，監督指導農業面源污染治理工作。監督指導區域大氣環境保護工作，監督重點區域大氣污染防治聯防聯控協作機制的實施。
（五）指導協調和監督生態保護修復工作。組織編制吐魯番
市生態保護規劃，監督對生態環境有影響的自然資源開發利用活
動、重要生態環境建設和生態破壞恢復工作。貫徹落實各類自然保護地生態環境監管制度並監督執法。監督野生動植物保護、濕地生態環境保護、荒漠化防治等工作。指導協調和監督農村生態環境保護，監督生物技術環境安全，組織協調生物多樣性保護工
作，參與生態保護補償工作。
（六）負責核與輻射安全的監督管理。貫徹國家、自治區有關核與輻射安全政策、規劃、標準並監督實施，參與核事故應急處理，組織實施輻射環境事故應急處理工作，監督管理放射源安全和核技術套用、電磁輻射、伴有放射性礦產資源開發利用中的污染防治。
（七）負責生態環境準入的監督管理。受吐魯番市人民政府委託對重大經濟和技術政策、發展規劃以及重大經濟開發計畫進行環境影響評價。按照國家、自治區和吐魯番市規定，負責規劃環境影響評價、政策環境影響評價審查和項目環境影響評價審批。建立生態保護紅線、環境質量底線、資源利用上線和環境準入負面清單管控體系。
（八）負責生態環境監測工作，貫徹落實自治區生態環境監測制度和規範並監督實施，組織實施生態環境監測、生態環境質量狀況調查評價、考核、預警預測，實行生態環境質量公告制度，發布吐魯番市生態環境綜合性報告和重大生態環境信息。
（九）負責應對氣候變化工作。組織擬訂吐魯番市應對氣候變化及溫室氣體減排的規劃和政策措施並協調實施。協調組織應對氣候變化對外合作和能力建設。
（十）負責生態環境監察工作。貫徹落實生態環境保護監察制度。根據授權對各區縣、各有關部門貫徹落實中央生態環境保護決策部署和自治區、吐魯番市工作要求情況進行監察問責。
（十一）統一負責生態環境監督執法工作。組織開展生態環
境保護執法檢查活動，查處生態環境違法案件。負責環境信訪投訴案件的辦理。組織指導吐魯番市生態環境保護綜合執法隊伍建
設和業務工作。
（十二）組織指導和協調生態環境保護宣傳教育工作，制定並組織實施生態環境保護宣傳教育規劃，推動社會組織和公眾參與生態環境保護。
（十三）完成市委、市人民政府交辦的其他任務。
內設機構
（一）辦公室。
（二）水生態環境科。
（三）大氣環境科。
（四）土壤生態環境科。
（五）環境影響評價與排放管理科。
（六）自然生態科。
（七）應對氣候科。
區縣生態環境局實行市以下垂直管理，作為市生態環境局的派出機構。主要職責：負責轄區內的生態環境行政管理工作，完成市局交辦的其他任務。
二級機構
（一）吐魯番市環境監察支隊
（二）吐魯番市環境監測站
