同源異化基因是決定果蠅體節形成的發育基因,其同源異形盒子編碼同源異化結構域蛋白,在進化上極為保守,從低等到高等動物的基因組中都有存在。其表達具有嚴格的時、空特異性,可控制蛔胞的分化狀態及表型,推測可能是通過對其他基因的調節而發揮作用。最近表明線蟲及哺軋類蛔胞中的轉錄因子也具有同源異化蛋白。
在生物進化中極為保守,從酵母、軟體動物、梅怛、爪蟾,小鼠以至人的基因組中都有發現。不周種屬動物相關的同源異化基因的盒子的同潦性高低不等,但與DNA結台處的胺基酸絕對無變異。有的相關同源異化基因除盒子外,在其兩側尤其是蛋白的羧端也是相似的,甚至在氨端也有一定同源性,提示基因的全序列也是保守的。