古神翼龍科與其他翼龍類的關係,以及在神龍翼龍超科的演化位置,長期以來處在爭論中,已有許多研究提出不同的演化樹。古神翼龍科的成員也有爭議,某些研究人員主張掠海翼龍亞科屬於古神翼龍科,[2]而其他研究人員認為掠海翼龍亞科較接近新神龍翼龍類的神龍翼龍科。[5]某些研究指出,古神翼龍科可能是個並系群,並非天然生物群,部份物種演化成新神龍翼龍類。[5]以下兩個演化樹是由David M. Martill、Martill與德恩·奈許(Darren Naish)在2006年提出,第一個是單系群版本,第二個是並系群版本。
大眾文化
Tapejara navigans出現於BBC《與恐龍同行》(Walking with Dinosaurs)電視節目,假設它們在巴西度過繁殖季節。有趣的是,Tapejara navigans出現於1999年的電視節目,但在2003年才被正式命名。