根據自治州黨委辦公室、自治州人民政府辦公室《關於印發〈博爾塔拉蒙古自治州人民政府機構改革方案實施意見〉的通知》（博州黨辦發〔2011〕36號）精神，設立博爾塔拉蒙古自治州疾病預防控制中心（以下簡稱自治州疾病預防與控制中心），機構規格相當於正縣級，隸屬於自治州衛生局管理的全額事業單位。
主要職責,內設機構,人員編制,附則,
主要職責
一組織實施國家、自治區、自治州疾病預防控制規劃、方案，調查、分析和研究傳染病、地方病、寄生蟲病、慢性非傳染性疾病的分布、流行和發展規律；開展流行病學監測和實驗室檢測，為疾病預防控制提供技術支持。
二承擔突發公共衛生事件、救災防病的應急準備、監測報告、調查確認、預測預警、現場處置和效果評估工作。
三承擔與健康相關產品的衛生質量檢驗、衛生學評價和衛生防病檢驗及實驗質量控制。
四對縣市疾病預防控制工作進行技術指導；開展套用性研究，引進開發和推廣套用疾病預防新技術新方法。
五開展健康教育、健康諮詢、普及衛生防病知識，進行心理和行為干預；參與綜合性社會衛生服務工作。
六承辦自治州人民政府和自治州衛生局交辦的其他事項。
內設機構
根據上述職責，自治州疾病預防控制中心設7個內設機構（相當於科級）
一辦公室。
組織協調單位日常工作，組織起草綜合性文稿，負責會議組織、文電處理、政務信息、政務公開、組織人事、固定資產、財務、檔案、保密、信訪、老乾、後勤服務等工作；負責單位精神文明、計畫生育、綜合治理、效能建設等工作；承辦領導交辦的其它事項。
二疾病預防與控制科。
承擔傳染性疾病的監測、疫情防治報告（含愛滋病防治）、消殺等工作。
三計畫免疫科。
承擔免疫預防實施的管理（疫苗保管、分發、運輸、冷鏈管理）和免疫預防接種反應、事故處理工作；承擔業務培訓工作。
四結核病防治科。
承擔結核病防治督導與管理，卡介苗接種考核，結核病歸口管理及監督。
五衛生科。
配合衛生監督所赴現場監測，出具監測報告；負責從業人員及學生健康檢查，出具體檢報告等工作。
六職業病防治科。
承擔職業病危害因素監測、評價；負責職業健康檢查、職業病診斷、健康教育與防治等工作。
七檢驗科。
承擔突發公共衛生事件樣品、疾病病原、委託仲裁樣品的檢測、檢驗；指導基層疾控機構檢驗工作，考核評估檢驗質量；承擔預防性健康檢查等。
人員編制
自治州疾病預防控制中心列全額事業編制51名，其中：縣級領導職數4名，內設機構科級領導職數10名。
附則
本方案由中共博爾塔拉蒙古自治州委員會機構編制委員會辦公室負責解釋並對執行情況進行監督檢查和評估，其調整由中共博爾塔拉蒙古自治州委員會機構編制委員會辦公室按規定程式辦理。
