門下有規庵祖圓、道山玄晟、玉山玄提、鉤叟玄江、金光竺翁、岩竇明投等人。其中,祖圓初參無學祖元,後隨侍普門,並於普門示寂後奉勒承襲第二世之法席,住山三十二年,大興寺門。本派之基礎雖由普門及祖圓所構築,但在永仁七年(1299)龜山上皇下勒,令選拔器宇卓拔、才智兼全者為住持。此後付法傳位即不依師資相承,而改為挑選諸山之英匠碩德任其職。因此,歷世能放異彩者頗多。明治九年(1876)九月,臨濟宗諸派分立之際,獨立為臨濟宗南禪寺派,別置管長。明治三十六年七月分立方廣寺派,四十一年九月分立向岳寺派。在本山及美濃(岐阜縣)永保寺、肥前(佐賀縣)圓通寺設定專門道場,且聯合臨濟、黃檗宗各派經營紫野中學校,培育派內子弟。