依據國家環保總局《關於進一步加強環境監理工作若干意見的通知》（環發[1999]141號）的有關規定，各級環境監理機構是依法對轄區內一切單位和個人履行環保法律、法規，執行環境保護各項政策、標準的情況進行現場監督、檢查、處理的專職機構。
南京市環境監察支隊受南京市環保局的委託，承擔的主要職能有：
（1）貫徹國家和地方環境保護的有關法律、法規、政策和規章。
（2）依法對全市範圍內污染源排放污染物及污染治理設施運行的情況、建設項目“三同時”執行情況、及一切單位或個人執行環境保護法律法規的情況進行現場監督、檢查；參與污染治理項目年度計畫的編制，並負責該計畫執行情況的監督檢查。
（3）負責向全市排放污水、廢氣、固體廢棄物和噪聲等污染物的單位或個體工商戶徵收排污費；並負責排污費財務管理和統計報表的編報匯審工作。
（4）負責全市一切排污單位排放污染物申報登記的組織、實施、審核、匯總及上報工作。
（5）負責對各類環境違法行為的現場調查、取證、向市環保局提出行政處罰建議並負責執行市環保局做出的處罰決定。
（6）負責對“自然保護區”、“生態示範區”等自然生態保護情況的現場監督檢查。
（7）負責對區域“噪聲達標區”及“煙塵控制區”等“兩控”區的現場監督檢查。
（8）作為市環保局重大化學事故應急處理中心的常設機構，負責重大環境污染事故、生態破壞事故或危及人身安全的污染事故的現場緊急處置，並參與調查處理；參加市“環保110”聯動體系組織的行動。
（9）作為市環保局環境違法行為舉報中心常設機構，全面負責“12369”環保熱線工作，負責全市污染舉報的接訴、批轉、現場調查處理、回復、上報等工作。
（10）承擔市環保局施工噪聲管理辦公室職能，負責全市施工噪聲管理工作的組織計畫、施工噪聲污染投訴件的受理查辦、市區夜間施工噪聲聯合現場檢查及全市施工噪聲統一現場執法行動的組織、中高考期間和法定節日（元旦、春節、五一、國慶）以及重大活動等特殊時段夜間施工的審批。
（11）負責督促、檢查、指導區縣監察大隊監察工作，組織全市環境監察人員的業務培訓；負責組織全市監察工作的稽查和考核，總結交流環境監察工作經驗。
（12）承擔南京市環境保護局委託的其他工作任務。
