南京市水政監察支隊成立於1995年12月1日。十年多來，支隊始終按照“政治合格、紀律嚴明、業務精通、作風過硬”要求和“專職化、專業化”目標，狠抓全市各級水政監察隊伍建設。目前，全市共有水政監察大隊12個（其中市支隊直屬大隊5個）、中隊47個，水政執法人員已由原來的319名發展到現在的383名，基本形成了覆蓋城鄉的水行政執法網路。2004年，南京水政監察支隊被水利部評為“長江河道采砂管理先進集體”； 2007年，市支隊被省評為長江河道采砂管理先進單位，市長江大隊被省評為先進水政監察大隊。全市各大隊以上單位均配備了水政監察專用車，兩個禁采大隊還裝備了執法船艇，共有大型執法艇3艘，小型執法快艇3艘，較好地保證了執法需求。
