南京市國土管理局財務管理中心是南京市國土資源局的直屬事業單位。其主要職責為:實行會計委派制,對市國土資源局直屬事業單位及其投資成立的企業財務進行統一管理,實施會計核算和會計監督;受局機關的委託,承擔市國土資源系統內部審計具體工作;受南京市地方稅務局及市國土資源局委託,負責土地使用權轉讓等環節稅收的具體代征代繳工作。