政協內部機構設定為"一辦六委",即辦公室、學習文史委員會、提案委員會、社會法制委員會、經濟科技委員會、教衛文體委員會和港澳台僑聯絡委員會。政協辦公室下設秘書科、綜合科、聯絡科。
區政協成立40多年來,在中共下關區委的領導下,認真貫徹"長期共存,互相監督、肝膽相照,榮辱與共"的方針,牢牢把握"團結、民主"主題,緊緊圍繞全區工作中心,積極組織委員認真履行政治協商、民主監督和參政議政職能,為促進全區的政治穩定、經濟繁榮和社會發展作出了積極的貢獻。
圍繞區委、區政府各個時期的中心任務,認真履行職能。先後召開全委會議35次、常委會議166次、主席會議385次,各類專題座談會和協商通報會280多次,組織和開展專題調研360多項。分別對市場建設、旅遊資源開發、企業結構調整、加快舊城改造、建設濱江城區、私營個體經濟發展、盤活利用閉置資產、調整中國小布局、發展高等職業教育、加強黨風廉政建設、社會治安綜合治理、和諧社區建設等進行了調研視察,提出許多富有建設性的意見和建議,參加調研的委員和各界人士達7000多人次,形成調研報告、建議案200多件。其中很多調研報告、建議案受到各級黨委政府主要領導的高度重視和社會的廣泛關注。
積極組織委員深入實際,了解和反映社情民意,充分發揮社會主義民主渠道的重要作用。圍繞全區各項社會事業提出提案及意見、建議3583件;收集、反映社情民意信息900多條,整理上報信息355條,其中被區委、區政府採用132條,市級採用176條,省級採用95條,中央一級採用12條。連續多年被市政協評為信息工作先進單位。
積極廣泛開展聯誼工作,加強友好往來和工作交流。1980年以來,接待海內外友人400多批4000餘人次,引進和陪同考察投資項目150個,增強了港澳台胞、海外僑胞對祖國的向心力,推動了下關經濟和社會事業的發展,促進了祖國的和平統一。先後接待全國26個省市區175家兄弟政協學習考察團;積極宣傳了下關區建設發展的成果和良好的投資環境,擴大了對外交往和經濟、科技、文化的交流與合作。
堅持政協文史工作為四個文明建設服務的宗旨。先後編輯出版《下關文史》、《獅子山與閱江樓》、《跨越天塹》、《下關文史——紀念抗日戰爭勝利50周年》、《下關古今》、《下關古今續集》、《商埠春秋》、《南京天妃宮與媽祖文化》、《幕府山勝跡尋蹤》、《風雨同舟四十秋》、《校園的風》、《羽毛球冠軍的搖籃》、《從龍江關走向世界——鄭和與下關》、《創業下關——市場發展篇》(上、中、下)等近二十輯文史資料,共約270萬字,為宣傳下關,擴大知名度;為招商引資,發展外向型經濟;為團結育人,推進和諧社會建設發揮了積極作用。有150多篇文章分別在《人民政協報》、《改革與開放》、《江蘇政協》、《南京日報》、《南京政協》等雜誌上刊用,擴大了政協的社會影響。
認真實踐,積極探索,努力推進工作規範化、制度化。協助區委、區政府先後起草制定了《中共下關區委關於加強對政協工作領導的意見》、《區政府關於加強與區政協工作聯繫的意見》;制定了《區政協關於政治協商、民主監督、參政議政的實施辦法》、《提案工作條例》、《政協常委會工作規則》、《專門委員會組織通則》、《秘書長工作規則》、《政協委員調查視察工作規則》、《關於進一步發揮民主黨派在人民政協中作用的意見》、《關於進一步完善區政協主席接待、走訪、約談制度的意見》、《關於加強信息工作的意見》、《關於進一步提高常委會會議質量的意見》和《關於對各類文稿、優秀通訊員實行獎勵的辦法》等規章制度,有效地規範了政協工作秩序。