十六屆中央紀委三次全會於2004年1月11日至13日在北京舉行。中央紀律檢查委員會常務委員會主持會議。出席會議的中央紀委委員115人。會議以鄧小平理論和“三個代表”重要思想為指導，深入學習貫徹黨的十六大和十六屆三中全會精神，深化對黨風廉政建設和反腐敗指導思想、基本原則、工作方針的認識，總結十六大以來反腐倡廉工作，研究和部署2004年的任務。胡錦濤、吳邦國、溫家寶、賈慶林、曾慶紅、黃菊、吳官正、李長春、羅乾等黨和國家領導人，以及中央和國家機關及有關方面的負責同志，解放軍駐京各大單位及武警部隊的負責同志出席全會第二次大會。胡錦濤強調，要把握住重要戰略機遇期，推動經濟社會協調發展，不斷開創中國特色社會主義事業新局面，實現全面建設小康社會的宏偉目標，很重要的一條就是要始終堅持求真務實，全面科學地判斷形勢，抓住機遇，迎接挑戰，克服困難，把加快發展的立足點放到真抓實幹上。胡錦濤指出，十六屆三中全會在總結經驗的基礎上，根據形勢的發展變化，提出了建立健全教育、制度、監督並重的懲治和預防腐敗體系的目標。這是我們黨對社會主義市場經濟條件下深入開展黨風廉政建設和反腐敗鬥爭提出的新要求，是加大從源頭上防治腐敗的根本舉措。各級黨委和政府都要按照這個要求，扎紮實實地做好工作。會議審議通過了吳官正代表中央紀律檢查委員會常務委員會所作的《堅持用“三個代表”重要思想指導黨風廉政建設和反腐敗工作，為全面建設小康社會提供政治保證》的工作報告。全會補選馬馼為中央紀委副書記，吳玉良為中央紀委常務委員會委員。
