北京聯合大學台灣研究院的前身是1989年5月成立的北京聯合大學文法學院台灣研究室和2000年12月成立的北京聯合大學台灣研究所。
20世紀80年代,隨著兩岸關係的逐漸開放,台灣問題研究漸漸成為學術界研究的熱點。1989年5月,北京聯合大學文法學院台灣研究室成立,徐博東任研究室主任。20世紀90年代中葉,隨著校內學院的整合,台灣研究室劃歸套用文理學院。
20世紀90年代,經過艱辛的努力,徐博東教授在台灣問題研究方面取得了突出的成就,在海峽兩岸受到普遍關注。在校領導的支持下,2000年12月3日,套用文理學院台灣研究室升格為北京聯合大學台灣研究所。2004年2月10日,台灣研究所從套用文理學院遷址到校本部。
2005年,為適應加強台灣問題研究的需要,北京聯合大學決定撤銷台灣研究所,建立台灣研究院。4月23日,北京聯合大學台灣研究院正式成立,徐博東任首任院長。原海峽兩岸關係協會會長汪道涵為台灣研究院題寫了院名,原國台辦副主任唐樹備擔任名譽院長。