木林鎮衛生院設有：內科、外科、婦產科、中醫科、五官科、預防保健科、社管科、護理組、檢驗科、B超室、心電圖室、搶救室、放射科、藥房、藥庫、財務科、辦公室等科室。2013年9月新增社管科。社管科：1、為轄區內婦女、兒童、60歲以上老人、殘疾人及慢性病人建立統一規範的健康檔案。2、負責對65歲以上老年人進行健康體檢和指導干預3、開展慢病患病情況、變化趨勢以及與慢病相關的行為危險因素的專題調查研究，收集慢病防治有關信息，擬定防治方案。
2014年4月1日，木林鎮衛生院狂犬病免疫預防門診正式開診，針對犬咬傷患者能夠就近獲得正規的診斷、治療並注射狂犬病疫苗。
截至2016年5月每周有內科、外科、中醫科及糖尿病專科專家出診。
