信息中心主要職責是:負責北京市公共衛生信息系統建設規劃的組織實施,落實北京地區衛生信息資源整合的具體工作;負責有關公共衛生信息數據統計及分析,開展公共衛生管理和服務等相關研究工作;承擔公共衛生網路平台、中心資料庫和套用系統的組織建設及運用維護;負責北京市衛生局機關電子政務、網路運行的技術保障;指導區縣及各醫療機構的公共衛生信息系統建設。
中心組織開展的項目有“北京市衛生局綜合指揮調度信息平台”、“北京市婦幼保健網路信息系統”、“北京市衛生監督執法綜合信息管理系統”“北京市疾病監測預警(實名就診卡系統)”、“衛生信息綜合採集平台”、“北京市衛生電子政務平台”、“社區衛生綜合管理信息系統”、“新型農村合作醫療管理信息系統”、“血液管理信息系統”、“安全防護信息系統”等項目的規劃、建設和實施。形成了“北京市公共衛生地理信息系統”、“公共衛生GIS圖層分類標準”和“北京市公共衛生信息系統指標代碼體系與數據結構”等工作成果。