北京交通大學交通系統科學與工程研究院於2016年組建成立，現已形成一個以國家自然科學基金創新研究群體為基礎，由長江學者和傑青領銜，優青、新世紀人才和全國優博為骨幹，結構合理的高層次科研團隊。
交通系統科學與工程研究院牽頭負責系統科學一級學科的規劃與建設（該學科在三次全國一級學科評估均排名第一），參與交通運輸工程和控制科學與工程學科的建設及研究生培養。2006年培養出我校首位全國優秀博士學位論文獲得者，2010年再次培養出一名全國優秀博士學位論文獲得者，還培養出兩位全國優秀博士學位論文提名獎獲得者。近年來為國家和省部級交通部門、高等院校、科研院所以及相關行業培養了一批高層次專業人才。
交通系統科學與工程研究院教師先後主持承擔了交通領域第一個國家973計畫項目（首席科學家）、國家傑出青年科學基金項目、優秀青年科學基金項目、國家自然科學基金重點、面上及青年項目等國家級和省部級項目40餘項；發表學術論文400餘篇，其中300餘篇為SCI檢索論文。獲國家自然科學獎二等獎1項（第一完成人）、教育部自然科學獎一等獎2項和科技進步獎一等獎1項、錢學森城市學金獎1項、其他省部級獎勵5項。
