質譜分析用於蛋白質的研究具有許多優點[3]，如靈敏度高，能為極微量的樣品提供信息；與色譜聯用，適用於複雜體系中痕量物質的鑑定或結構測定。總的來說，質譜分析具有準確性高、操作簡易、快速等優點。
簡介,肽質指紋術（PMF）,肽片段,
簡介
使用氯化鈉溶液對樣品表面進行處理有助於提高加合離子的得率。在分析過程中加熱樣品也有助於提高得率。在FAB離子化過程中，可同時生成正負兩種離子，這兩種離子都可以進行質譜分析。樣品分子如帶有強電子捕獲結構，特別是帶有鹵素原子，則可以產生大量的負離子。
肽質指紋術（PMF）
最常用的是胰酶對由2-DE分離的蛋白在膠上或在膜上於精氨酸或賴氨酸的C-末端處進行斷裂，斷裂所產生的蛋白片段的精確分子量通過質譜來測量（MALDI-TOF-MS，或為ESI-MS），採用這一技術所獲得的肽段的質量可精確至0.1個分子量單位。所有肽段質量最後與資料庫中理論肽段質量相配比（理論肽是由實驗所用的酶來“斷裂”蛋白產生的）。配比的結果是按照資料庫中肽片段與未知蛋白共有的肽片段數目作一個“排行榜”，“冠軍”肽片段可能代表一個未知蛋白。若冠亞軍之間的肽片段存在較大差異，且這個蛋白可與實驗所示的肽片段覆蓋良好，則說明鑑定正確的可能性較大。
肽片段
肽質指紋術本身並不能揭示所衍生的肽片段或蛋白質。為進一步鑑定蛋白質，出現了一系列質譜分析方法，可用來描述肽片段。用酶或化學方法從N-或C-末端按順序除去胺基酸，便形成梯形肽片段。以一種可控制的化學模式從N-末端降解，可產生大小不同的一系列的梯形肽片段，而且所得一定數目的肽質量可由MALDI-TOF-MS測量。另一種方法涉及羧基肽酶的套用，該方法從C-末端除去不同數目的胺基酸後便形成肽片段。化學法和酶法可產生相對較長的序列，其分子量非常精確，以至於連賴氨酸（128.09）和谷氨醯胺（128.06）這兩個分子量相差無幾的胺基酸都能細緻區分。或者，在質譜儀內套用源後衰變（PSD）和碰撞誘導解離（CID）技術，目的是產生包含有僅異於一個胺基酸殘基質量的一系列肽峰的質譜。因此，可以基於此來推測肽序列。而且，在MALDI反應器上分析肽片段PSD就能產生部分序列信息。
