《分散式環境下分子系統發育分析高性能計算方法研究》是依託北京化工大學，由凌誠擔任項目負責人的青年科學基金項目。
基本介紹
- 中文名：分散式環境下分子系統發育分析高性能計算方法研究
- 依託單位：北京化工大學
- 項目類別：青年科學基金項目
- 項目負責人：凌誠
- 批准號：61602026
- 申請代碼：F0213
- 負責人職稱：副教授
- 研究期限：2017-01-01 至 2019-12-31
- 支持經費：21（萬元）
項目摘要
測序技術的發展為分子系統發育分析帶來了海量數據。如何快速解讀海量數據，揭示生物進化規律，是國內外研究熱點之一。研究表明，高性能並行算法的研究，對於提高系統發育分析效率非常重要。然而，多維空間內的進化樹特徵複雜，似然估計千差萬別，導致現有並行算法在計算一致性、通用性等方面存在瓶頸。那么，是否存在一些更好的解決思路，能夠在為大規模分子序列進行系統發育分析時，取得更為高效、穩定的計算性能。本課題就是要基於前期的研究成果，研究分散式環境下分子進化分析的高性能計算方法。首先，本課題擬研究網路環境下的負載均衡、計算一致性方法。第二，擬融入似然機率屬性概念，研究基於列主序存儲模型的通用並行方法。第三，擬最佳化執行緒級並發度、核心調度、有效計算比例，提高GPU多執行緒計算效率。本項目是利用分子進化理論和高性能計算技術對求解分子進化分析計算問題所進行的理論和技術創新，將為新一代生物醫藥等研究提供高效計算支持。
