分子查詢語言(英語：Molecular Query Language，簡寫MQL)，是一種在化學信息學領域中為複雜、困難和特殊的分子檢索問題而設計的計算機語言。相比於已經廣泛套用的SMARTS檢索，分子查詢語言為原子和化學鍵的空間和物理化學屬性提供了技術規範。此外，這種語言也容易擴展後用於非原子圖譜的查詢處理。
