《分子古生物學原理與方法》是2006年科學出版社出版的圖書，作者是楊群。
內容簡介,目錄,
內容簡介
分子古生物學是20世紀90年代興起的一個多學科交叉領域，它涉及古生物學、分子進化與分子系統學、地質學、地球化學等科學分支的理論與方法。本書是我國該領域的第一部基礎性讀物。它較為系統地介紹了分子古生物研究的基本概念、技術方法、理論原理以及國內外的主要研究方向和進展，包括分子進化理論、分子數據的處理與分析方法、古DNA、古胺基酸、分子標記物、分子系統學、古生物與現生生物分子數據的綜合研究等方面。本書適合作為地質和生物類研究生、本科生的課外讀物或選修課教材，分子進化和分子古生物專業研究生的課程教材；同時，可作為地質和生物領域研究人員的參考書。
目錄
《中國科學院研究生教學叢書》序
前言
第1章 DNA與分子古生物學
引言
1.1 歷史回顧
1.2 一些基本概念
1.3 分子進化型式
1.4 分子系統學概要
1.5 分子系統學在古生物學中的意義
1.6 附錄
第2章 群體遺傳動力學
引言
2.1 等位基因頻率的變化
2.2 自然選擇
2.3 隨機遺傳漂變
2.4 有效居群規模
2.5 基因替代
2.6 在突變壓力下等位基因的消失
2.7 基因多態性
2.8 新達爾文理論和中性突變假設
第3章 古DNA的研究方法與套用
引言
3.1 研究簡史
3.2 古DNA研究的意義及難點
3.3 基本概念與方法
3.4 實驗技術
3.5 古DNA序列分析及可靠性鑑別方法
3.6 古DNA的套用
3.7 結語
3.8 附錄：古DNA實驗要點
第4章 古胺基酸研究
引言
4.1 胺基酸立體化學基礎
4.2 技術和方法
4.3 化石胺基酸及其外消旋作用的一些套用
4.4 附錄
第5章 生物標誌物及其古生物與古環境意義
引言
5.1 生物標誌物的定義與特點
5.2 研究簡史
5.3 有機化學預備知識
5.4 生物標誌物的地球化學
5.5 生物標誌物在古氣候古環境研究中的套用
5.6 生物標誌化合物的地史分布
5.7 附錄：生物標誌物的分析技術
第6章 分子數據的基本處理方法--以DAMBE分析軟體為例
引言
6.1 分子數據檔案的格式及格式轉換
6.2 在網際網路（Internet）上獲取數據
6.3 GenBank數據檔案的內涵與處理方法
6.4 多序列對位排列（Multiple Alignment）
6.5 分子序列數據的基本分析方法
6.6 胺基酸頻率及其演化
6.7 附錄
第7章 分子譜系樹的構建與檢驗
引言
7.1 基本概念、模型與分析流程
7.2 分子譜系樹的構建
7.3 分子譜系樹的統計檢驗
7.4 附錄：網路資源
第8章 中性理論、分子鐘及支系分歧時間估算
引言
8.1 中性理論：分子進化速率研究的理論基礎
8.2 分子鐘
8.3 譜系間的速率差異
8.4 關於分子鐘的爭議
8.5 研究實例：後生動物門類的起源
8.6 展望
第9章 非線性分子進化與古生物重大事件
引言
9.1 進化研究從形態至分子、從線性至非線性
9.2 非線性分子進化研究簡史
9.3 非線性分子進化的機制
9.4 非線性進化研究方法
9.5 三葉蟲興衰的呼吸機制探秘
9.6 結語
參考文獻
名詞索引
