分子力學方法

介紹

Gaussian 中有三種分子力學方法,它們用於ONIOM 計算，但也可以用作獨立的方法。

這些方法不需要指定基組關鍵字。

可以使用以下力場：

Amber：Amber力場在[37]中描述。這篇文章發表後，實際的參數(parm96.dat)略微做了

更新。我們使用來自Amber網站(http://amber.scripps.edu/)的最新版本Amber。

DREIDING：DREIDING 力場在[38]中描述。

UFF：UFF 力場在[39]中描述。

除非在分子說明部分設定，否則使用任何分子力學力場時，默認不會為原子分配電荷。

可用的選項可以在初始結構上用QEq算法估計電荷，對任何力學關鍵字可以用以下選項控制：

QEq 使用QEq 方法[40]為所有原子分配電荷。

UnTyped 只對在輸入檔案中沒有指定類型的原子分配QEq 電荷。

UnCharged 對所有電荷為零的原子(也即，在輸入檔案中沒有設定類型或給定了類型但

沒有電荷的所有原子）分配QEq 電荷。

參數優先權選項

術語: Gaussian包含以上所列內置力場的內置參數，稱為硬體參數。軟參數是由用戶在

當前任務的輸入檔案內指定的參數（或者是從以前任務的checkpoint檔案讀取的參數）。默

認不提供有關的選項，只能使用硬體參數。

HardFirst 從輸入檔案讀取附加的參數，硬體參數優先於讀入的軟參數。因此，如果

沒有相應的硬體參數時，才會使用讀入的參數。注意，和硬體參數匹配的

通配符結果優先於軟參數，即使後者包含完全匹配的項。若要禁止硬體參

數的匹配，可以使用SoftFirst 選項。

SoftFirst 從輸入檔案中讀入附加的參數，（讀入的）軟參數比硬體參數值優先。

SoftOnly 只使用從輸入檔案中讀入參數，忽略硬體參數。

ChkParameters 從checkpoint 檔案讀入參數。checkpoint 檔案中任何非標準的（軟）參

數都比相應的硬體參數優先，除非同時指定HardFirst。

NewParameters 忽略checkpoint 檔案中的任何參數。

Modify （在從硬體和/或軟參數構建了參數數組之後，）讀入對參數數組的修改

和添加。

多參數說明匹配的處理

因為參數可用通配符指定，一個給定結構有可能符合多種參數組的設定。默認為如果在

力場上存在歧義，則計算中斷。以下選項指定遇到多種符合的其它處理方式：

FirstEquiv 如果所需的參數有等價的匹配，使用最先發現的。

LastEquiv 如果所需的參數有等價的匹配，使用最後發現的。