公路通行費收入審計是對公路管理單位利用貸款和集資修建的高等級公路和大型公路橋樑、隧道經批准向過往車輛收取通行費的審計。
其主要內容：(1)收取通行費的公路、橋樑、隧道是否按規定經省、自治區、直轄市以上政府有關部門批准，有無不經批准亂設卡、濫收費的情況；(2)通行費徵收的期限、範圍、標準是否合規，有無擅自提高標準、減免放行、拒繳等行為；(3)票據管理制度、內部控制制度是否健全，有無票證印刷、登記、領發、核銷等管理制度，稽查手段是否完備有效；(4)收入是否按規定存入銀行賬戶和按時解交，有無坐支、挪用、截留、少報、拖欠的問題；(5)每日收入的現金同驗收的單據、解繳的款項及收入日報相互間是否一致。
