劇情簡介
再次尋找佐助的蹤影失敗後，回到木葉，卻驚聞自來也被培因殺害的噩耗。為此曾一度悲傷消沉的他，因為伊魯卡老師和鹿丸的鼓勵，而重新振作起來，並協助解開自來也臨終前留下的暗號；可惜的是，對培因的真面目仍然沒有頭緒。為了替自來也報仇，他決定接受深作大人的提議，前往自來也曾修行的妙木山，作艱苦的仙術訓練。訓練期間，鳴人多次差點變成青蛙，幸得深作大人用術阻止，不過鳴人卻也滿身是傷。經過一番修行，鳴人總算是基本掌握了自然力量，故深作大人便要他開始轉為不用蛤蟆油的練習，同時也給了鳴人自來也的遺作──“根性忍傳”。這個時候鳴人已基本掌握了深作所授的“蛙蹼手”，及能在不動的狀態下吸收自然力量，控制仙術查克拉。此時深作告誡鳴人有關仙人模式的缺點，就是只能維持5分鐘左右；而且每一次使用前，需經一段時間、在靜止的狀態下吸取足夠的自然力量方可使出。因此如果在不動的狀態下，就很容易成為敵人的靶子。為免如此，使用時就必須有其他夥伴同在，以為其爭取充裕的時間吸收自然力量。但深作認為最有效的方法，就是與鳴人融為一體，以求能同時分擔“動”和“靜”兩邊的工作。
另一邊廂，木葉忍者村正受到培因的摧毀，身為五代火影的綱手，目前只能祈求鳴人這位“預言之子”的回歸。不料，深作在和鳴人進行融合訓練時被鳴人體內的九摩訶排斥。眼見之前的修煉即將白費，鳴人萬分苦惱。但當他看見自來也在深作背後留下的暗號後，便堅持繼續修煉。
鳴人希望透過一邊跑一邊和深作融合，但修煉令深作也傷痕累累。深作指出要同時移動和收集自然能量就如望左的時候同時望右是不可能的。鳴人頓時有所覺悟。最後鳴人終於是成功練成了仙術訓練。之後，鳴人和深作得知聯絡蛙幸助被殺害，便知道木葉出事了。在木葉附近的蛤蟆仙人志麻（深作的太太）用逆通靈之術把鳴人和深作和三位蛤蟆召喚過來。鳴人穿了和自來也相同的外套，背後背著自來也的書卷，以仙人模式和深作、蛤蟆文太、蛤蟆健和蛤蟆廣在木葉出現，看見被培因蹂躪的家鄉，鳴人無語可發。眼見木葉被天道惠比壽為平地，憤怒的綱手衝出來要與培因一決生死。
此時剛被復活的修羅道，襲向綱手，卻被鳴人的螺旋丸秒殺。鳴人對著天道說“一決勝負吧！！”鳴人和天道之戰亦告揭開序幕。仙人鳴人使出壓倒性的力量，施展了新術—可投擲至目標的仙法‧風遁‧螺旋手裏劍、仙法‧螺旋連丸及蛙手印，先後把修羅道、人間道、畜生道、餓鬼道、地獄道等一招擊倒。但是天道使出神羅天征把鳴人及其影分身擊開，戰況隨即進入膠著狀態。之後鳴人慾聯同深作使出幻術，卻被天道的萬象天引所逮，並為餓鬼道吸走查克拉，強逼鳴人解除仙人模式。幸好餓鬼道因吸取過多仙術查克拉，反變成石化蛙。但餘下的天道已知仙人深作將要使出幻術，便先使出萬象天引，利用黑棒把被吸來的深作幹掉；再把鳴人拉引過來並摔在地上，用黑棒貫穿其雙手。將他暫時壓制住。鳴人憤怒的質問天道為何要這樣做，而天道也決定向鳴人透露自己的目的。聽完培因對於如何追求和平的偏激見解後，鳴人雖滿心不認同但卻又無言反駁。就在天道即將俘虜鳴人時，雛田為了救援鳴人挺身而出。鳴人激動的要她趕快逃走，但雛田對鳴人說出了內心暗藏許久的真情，並且表明她是自願為鳴人挺身而出的！雛田衝上前去和天道展開近身戰，一時之間似乎不落下風，但是面對神羅天征卻是無力招架，倒地後被天道重傷。鳴人一怒之下爆發九尾的力量，並露出第六條尾巴，及顯現出九尾的骨骼。同時還破壞了大和與第四代火影預先施下的封印術。天道接連使出絕技神羅天征及萬象天引但對鳴人完全無效，不得不逃到村子外。之後在離村子甚遠處暗中使出了他的隱藏絕技“地爆天星”。
這是能將廣大範圍內的物體全部吸引到天道做出來的超引力核心周圍，並壓縮成一巨大球體的絕招。鳴人在六尾狀態下試圖用查克拉能量炮反擊但沒有成功，因而被吸進球體中遭到壓制住。面對禁術地爆天星，鳴人在九尾的煽動下爆發出八條尾巴，出現九尾的肉體，正當鳴人要露出第九條尾巴（把封印九尾的符咒撕掉）時，四代目火影突然出現，阻止鳴人。與四代目火影見面之後，鳴人才知道自己是四代目的兒子，情緒激動。四代目相信鳴人一定能夠守護木葉，幫鳴人把封印修復，九尾瞬間消失。鳴人變回了仙人模式後，與天道展開最後對決，並且在成功撐過了神羅天征的衝擊後，以自來也所授的螺旋丸打倒了天道，成為超越了自來也的仙人。及後鳴人追蹤長門的真身，半路中受到井野父親的阻擋，但還是由鹿丸父親化解了，鳴人終於到達長門真身的所在地。鳴人與長門一番對話後，長門被其永不放棄的意志所打動，決心將促成和平的願望交付鳴人。長門使用了禁術—外道‧輪迴天生之術令木葉所有死亡者復活（包括卡卡西），卻犧牲了自己的性命。小南把長門及彌彥的遺體帶走，同樣把希望託付給鳴人。鳴人決意繼承師父（自來也）及師兄（長門）的遺願。
