全國電子聯行往來是經中國人民銀行總行核發有電子聯行行號的行與行之間，通過電子計算機網路和衛星通信技術進行異地結算資金劃撥業務的賬務往來。
全國電子聯行往來的主要做法是：①全國電子聯行採用 “星形結構，縱向往來，隨發隨收，當時核對，每日結平，存欠反映”的做法。②已經開通衛星通信的城市，凡參加同城票據清算的專業銀行、商業銀行受理的異地匯劃業務，均應在資金清算後通過衛星通信辦理。凡未參加同城票據清算的商業銀行受理的異地匯劃業務，能夠及時提交附近清算分中心，而且要求比手工聯行處理加快傳遞速度的應儘量進入電子聯行往來處理; 暫不具備條件進入電子聯行往來處理的，仍使用現行的全國聯行往來制度處理。③金融機構受理的異地匯劃業務的行，分別稱匯出行和匯入行; 中國人民銀行轉匯時，辦理電子聯行往來賬的行，分別稱電子發報行和電子收報行; 清算總中心稱電子轉發行。金融機構辦理匯出和匯入的資金，由中國人民銀行當即清算，做到匯劃款項與資金清算同步。④賬務核算使用 “電子聯行往賬”、“電子聯行來賬”和 “電子清算資金往來”三個科目。發報行通過轉發行向收報行進行資金匯劃業務時，用電子聯行往賬科目核算，餘額雙方反映，不得軋差，與轉發行核對後，正常情況下，當日結平無餘額;收報行收到轉發行轉來發報行的資金匯劃業務時，用電子聯行來賬科目核算，餘額雙方反映，不得軋差，與轉發行核對後當日結平; 各清算分中心和總中心之間清算資金存欠時，用電子清算資金往來科目核算。每日電子聯行往賬、來賬餘額分別對清後，全額轉入本科目，餘額軋差反映。該科目不按年度分設，年終不通過分錄轉入下年新賬，在中國人民銀行會計報表全國匯總後，本科目雙方餘額應相等。⑤電子聯行使用的憑證為： 電子聯行往賬借方或貸方清單各一式兩聯; 電子聯行來賬借方或貸方清單各一式三聯。各清算分中心必須建立嚴格的憑證內部交接制度，以明確責任，便於檢查。⑥電子聯行轉匯業務進行會計分錄。
