國務院批覆指出，海洋是我國經濟社會可持續發展的重要資源和戰略空間。當前，我國海洋經濟發展戰略已進入全面實施的新階段，統籌協調海洋開發利用和環境保護的任務艱巨。要堅持在發展中保護、在保護中發展的原則，合理配置海域資源，最佳化海洋空間開發布局，促進經濟平穩較快發展和社會和諧穩定。
國務院批覆強調，海洋功能區劃是合理開發利用海洋資源、有效保護海洋生態環境的法定依據，必須嚴格執行。通過實施《區劃》，到2020年，圍填海等改變海域自然屬性的用海活動得到合理控制，漁民生產生活和現代化漁業發展得到保障，海洋保護區、重要水產種質資源保護區得到保護，主要污染物排海總量制度基本建立，海洋環境災害和突發事件應急機製得到加強，遭到破壞的海域海岸帶得到整治修復，海洋生態環境質量明顯改善，海洋可持續發展能力顯著增強。
國務院批覆要求，《區劃》由國家海洋局會同有關部門和沿海各省、自治區、直轄市人民政府組織實施。沿海各省、自治區、直轄市人民政府要將《區劃》實施工作列入重要議事日程，並依據《區劃》儘快完成地方各級海洋功能區劃的編制工作，明確各類海洋功能區的具體範圍和管理要求，嚴格逐級審批。海洋局會同有關部門要認真落實《區劃》實施的各項保障措施，對《區劃》執行情況進行跟蹤評估和監督檢查。要科學制定圍填海計畫並納入國民經濟和社會發展計畫，嚴格執行建設項目用海預審和審批制度。要建立全覆蓋、立體化、高精度的海洋綜合管控體系，不斷完善海域管理的體制機制，加大海洋執法監察力度，整頓和規範海洋開發利用秩序。各級財政部門要積極支持海洋功能區劃工作，中央和地方海域使用金收入要支持海域海岸帶開展綜合整治修復。
2012年10月16日，國務院統一公布沿海地區8省(區、市)(河北、遼寧、江蘇、浙江、福建、山東、廣西、天津)的《海洋功能區劃(2011-2020)》批覆，但暫不包括廣東、上海、海南三省(市)。
