內含因子是斷裂基因的非編碼區,可被轉錄,但在mRNA加工過程中被剪下掉,故成熟mRNA上無內含子編碼序列。內含因子可能含有"舊碼",就是在進化過程中喪失功能的基因部分。正因為內含因子對翻譯產物的結構無意義,不受自然選擇的壓力,所以它比外顯因子累積有更多的突變。
它是真核生物細胞DNA中的間插序列。這些序列被轉錄在前體RNA中,經過剪接被去除,最終不存在於成熟RNA分子中。內含因子和外顯因子的交替排列構成了割裂基因。在前體RNA中的內含因子常被稱作“間插序列”。在轉錄後的加工中,從最初的轉錄產物除去的內部的核苷酸序列。術語內含因子也指編碼相應RNA內含因子的DNA中的區域。內含因子可能含有“舊碼”,就是在進化過程中喪失功能的基因部分。正因為內含因子對翻譯產物的結構無意義,它比外顯因子有更多的突變。