側根起源於根毛區內維管柱鞘的一定部位。側根在維管柱鞘上產生的位置，常隨植物種類而不同，在二原型根中，側根發生於原生木質部和原生韌皮部之間或正對著原生木質部的地方。
無論是主根還是不定根，都不是單獨的一條根，總是反覆的分支，產生許多支根，即側根。
在前一種情況下，側根行數為原生木質部輻射角的倍數，如胡蘿蔔為二原型，側根有4行；在後一種情況下，則側根只有2行，如蘿蔔。在三原型、四原型根中，側根多發生於正對原生木質部的地方，在這種情況下，初生木質部輻射角有幾個，常產生幾行側根。如棉花為四原型，則側根有4行。在多原型根中，側根常產生於正對著原生韌皮部的地方。
當側根開始發生時，中柱鞘的某些細胞開始分裂，最初為幾次平周分裂，使細胞層次增加，並向外突起，以後再進行包括平周分裂和垂周分裂在內的各個方向的分裂，這就使原有的突起繼續生長，形成側根的根原基，這是側根最早的分化階段。以後根原基的分裂、生長，逐漸分化出生長點和根冠。最後，生長點的細胞繼續分裂、增大和分化，逐漸深入皮層。此時，根尖細胞能分泌含酶的物質，將部分皮層和表皮細胞溶解，因而能夠穿破表皮，順利地伸進土壤之中形成側根。
由於側根起源於中柱鞘，因而發生部位接近維管組織，當側根維管組織分化後，就會很快地和母根的維管組織連線起來。側根的發生，在根毛區就已開始，但突破表皮，露出母根外，卻在根毛區以後的部分。這樣，就使側根的產生不會破壞根毛而影響吸收功能。
在前一種情況下，側根行數為原生木質部輻射角的倍數，如胡蘿蔔為二原型，側根有4行；在後一種情況下，則側根只有2行，如蘿蔔。在三原型、四原型根中，側根多發生於正對原生木質部的地方，在這種情況下，初生木質部輻射角有幾個，常產生幾行側根。如棉花為四原型，則側根有4行。在多原型根中，側根常產生於正對著原生韌皮部的地方。
當側根開始發生時，中柱鞘的某些細胞開始分裂，最初為幾次平周分裂，使細胞層次增加，並向外突起，以後再進行包括平周分裂和垂周分裂在內的各個方向的分裂，這就使原有的突起繼續生長，形成側根的根原基，這是側根最早的分化階段。以後根原基的分裂、生長，逐漸分化出生長點和根冠。最後，生長點的細胞繼續分裂、增大和分化，逐漸深入皮層。此時，根尖細胞能分泌含酶的物質，將部分皮層和表皮細胞溶解，因而能夠穿破表皮，順利地伸進土壤之中形成側根。
由於側根起源於中柱鞘，因而發生部位接近維管組織，當側根維管組織分化後，就會很快地和母根的維管組織連線起來。側根的發生，在根毛區就已開始，但突破表皮，露出母根外，卻在根毛區以後的部分。這樣，就使側根的產生不會破壞根毛而影響吸收功能。
