根據《國務院辦公廳關於轉發交通部水上安全監督管理體制改革實施方案的通知》（國辦發[1999]54號）的要求，交通部和山東省政府達成協定如下：
一、交通部、山東省人民政府表示完全擁護國辦發[1999]54號檔案規定的水上安全監督管理體制改革精神，堅決貫徹國務院檔案，積極認真地做好有關具體工作，使山東省水上安全監督管理體制儘快符合國務院檔案的要求。
二、由山東省負責的沿海日照市、青島市、威海市、煙臺市、濰坊市、東營市、濱州地區行政區域水域（以下簡稱七地市）和沿海水域、港口的水上安全監督管理的機構和黃河小清河水上安全監督局（不含船舶檢驗機構）劃轉交通部，與交通部設在山東的青島、煙臺、日照海上安全監督局合併，由交通部按國家批准的方案設定海事機構，實行垂直管理體制，由交通部統一領導。
交通部在青島設定中華人民共和國山東海事局（正廳級，以下簡稱山東海事局），負責統一管理除煙臺市行政區域以外的沿海市地行政區域內水域和沿海水域、港口的水上安全監督機構的各項水上安全監督機構業務；在煙臺設定中華人民共和國煙臺海事局（副廳級，以下簡稱煙臺海事局），負責統一管理煙臺市行政區域內水域和沿海水域、港口的水上安全監督機構的各項水上安全監督業務。在日照、威海分別設立由山東海事局管理的日照、威海海事局，分別負責日照市、威海市行政區域內水域和沿海水域、港口水上安全監督機構的各項水上安全監督業務。山東省港航監督局負責海船管理和海船船員管理的有關人員（不含船舶檢驗人員）以及相應比例的綜合管理人員和離退休人員以及直屬東風、東營、黃河小清河海（水）監局（處）與山東省海上搜救中心、濰坊、濱州地市的水上安全監督機構合併，組建山東海事局管理的副廳級濟南海事局，管理濱州、東營、濰坊行政區域內水域和沿海水域、港口和黃河小清河的水上安全監督機構的各項水上安全監督業務。為加強與省政府的聯繫，山東海事局成立後，由山東海事局副職兼任濟南海事局局長。
三、根據國務院國辦發[1999]54號檔案精神，山東省七市行政區域水域的水上安全監督機構和黃河小清河水上安全監督局與與交通部海監機構合併，原與以上水監機構合署辦公的船舶檢驗機構分離出來。結合山東省實際情況，在青島、煙臺、威海、濟南等地設定船舶檢驗局（處級機構），使用事業編制，行使政府職能，仍由省交通廳（山東省船舶檢驗局）負責管理。
四、除本協定第二條規定由山東海事局、煙臺海事局統一管理水域以外，山東省其他內河水域安全水上安全監督工作由山東省交通廳統一領導。山東省境內京杭運河水域及港口水上安全監督、船舶檢驗機構實行按河系垂直管理。由省交通廳統一領導。
五、山東海事局、煙臺海事局由交通部直接領導。黨的關係實行屬地化管理，山東海事局和煙臺海事局領導幹部管理以交通部為主，交通部在任免黨政主要領導幹部時，應徵求地方意見。
六、山東海事局、煙臺海事局分別管理山東沿海七市地行政區域內水域和沿海水域、港口水上安全監督工作，應積極配合山東省人民政府工作部署，依法開展工作，為加強山東省水上安全監督管理，促進對外開放作出應有的貢獻。
七、山東省港航監督局、山東省沿海七市地省屬水上安全監督機構和黃河小清河水上安全監督局以及濰坊、濱州地市水上安全監督機構（以下簡稱劃轉單位）港監業務人員及相應比例的綜合管理人員415名和離退休人員49名，共464名劃轉交通部管理，劃轉人員相應工資總額，由山東省劃轉交通部。有關人員劃轉事宜均按1998年6月18日在冊人數為準。
八、劃轉單位管理使用的固定資產（包括土地、辦公業務用房、職工宿舍以及監督管理設施、設備和交通工具等），以1998年度經審計的財務會計決算為基礎無償劃轉，其債權債務一併移交，成建制劃轉的機構，實行資產整體移交，部分劃轉的機構，其資產按實際劃轉的職工占原機構職工人數的比例確定，無償劃撥交通部，並按規定辦理有關手續。
九、體制改革後，劃轉單位原用於補貼留在地方管理的水監機構的規費收入仍返還地方。具體返還數額以劃轉單位1998年實際支付給仍然由地方管理的水監機構規費數額占劃轉單位全部規費收入的比例為依據，按比例返還。具體返還比例的確定，由交通部海事局與山東省交通廳根據各劃轉單位1998年決算共同測算，並報財政部同意後，以備忘錄形式另行明確。
十、具體劃轉和交接事宜，由交通部有關司局和山東省交通廳組成工作組，負責按本協定規定實施，並簽署交接檔案。交接工作應在1999年底前完成。
十一、本協定由交通部和山東省人民政府簽署後生效。
