交叉型免疫電泳是用瓊脂糖作支持物,先將抗原經電泳展開,然後在同一玻板上澆注含抗體的瓊脂糖凝膠,在後一個凝膠中進行第二次電泳(與第一次電泳方向垂直)。這種方法實際上是在凝膠電泳後進行免疫電擴散。不同抗原形成互相獨立的峰狀免疫沉澱,至最適抗原/抗體比值處停止運動,沉澱峰的高度和面積與抗原量成比例關係。
先將抗原加到瓊脂板的小孔內進行電泳,然後在瓊脂板中央挖一橫槽,加入已知相應的免疫血清,兩者經一定時間相互擴散後,就會在抗原、抗體比例最適處形成沉澱弧。根據沉澱弧的數量、位置和外形,參照已知抗原、抗體形成的電泳圖,即可分析樣品中所含成分。