我們建議將亞基因組定義為獨立的複製子，這些複製子來自具有必需基因的宿主基因組。它與許多細菌（5-11）中常見的大質粒或第二染色體有區別，這是基於它們的先驗存在。上述亞基因組可能缺乏ter功能。主基因組保留了terC序列（28），儘管BEST4175基因組的右半部分縮短了300kb，但它可能仍發揮作用。儘管尚不清楚亞基因組是否有偶然的功能終止子，但成功分離出枯草桿菌terC缺失突變株表明，枯草桿菌基因組可能不需要ters序列（29）。
如果在同一基因組中同時存在ori和重複序列，細菌基因組就有可能分裂。如果是這樣的話，作為一個適應宿主細菌生理生態位的實體，自然基因組手術很可能形成亞基因組（甚至質粒或第二染色體）。摘自
PNAS:10.1073/pnas.94.10.5378
“We propose to define subgenome as independent replicons that derive from the host genome having essential gene.”
PNAS(1997).Vol.94.pp 5378-5382
