概念
五大牧首的概念首先在皇帝
查士丁尼一世的Novella 131中的法律清楚講明。692年的五六會議正式確認五大牧首，並把五個主教座按重要性排列。尤其在五六會議後，五大牧首在
東方基督教的哲學上接受了，但
西方基督教普遍不接受，因為西方不承認五六會議。
這五個主教座比起其他主教座擁有更大權力，是因為它們在政治和教會的重要性；它們全都位於帝國內的重要城市和區域，也是教會的主要中心。羅馬、亞歷山大和安條克在早期教會發展有重要角色。君士坦丁堡在4世紀成為皇室首都，因此名列羅馬之後。耶路撒冷在使徒時期十分重要，因此獲得禮儀上的排位。查丁士尼和五六會議把帝國以外的教會排除出去，例如當時正在
薩珊王朝的
波斯冒起的東方教會，被他們視為異端。在帝國內只承認迦克墩派，而把
亞歷山大和
安條克的非迦克墩派人士視為非法。
各個牧首區的紛爭，由其是羅馬（視自己為所有教會中超群）和君士坦丁堡（視自己與羅馬平等），使五大牧首不能成為有效的管治實體。7世紀阿歷山大、耶路撒冷和安提阿被伊斯蘭征服，使君士坦丁堡成為東方唯一的權威，此後“五大牧首”的概念只剩下象徵意義。東方教會磨擦，以
東西教會大分裂告終，和帝國之外的大型獨立的都主教座在
保加利亞、
塞爾維亞和
俄羅斯的興起，使帝國內的古老主教座變得不重要。
