互斥方案分析是在所有互斥方案中選擇最佳方案的方法。互斥方案是指互相排斥的方案，在若干個可選擇的方案中，選擇了一個方案，就不能同時接受其它方案，例如，若干個廠址方案，選擇了一個，就不能同時選擇其它廠址方案，所有的廠址方案都是互斥的。
互斥方案分析有二種基本方法： 指標直接對比法和差額分析法。
指標直接對比法是根據經濟效益指標直接對比來選擇最佳方案的。其步驟如下：(1)計算各方案的經濟效益評價指標，包括內部收益率、淨利值，收益成本率。(2)確定入選標準。內部收益率必須大於最低期望內部收益率。淨利值不得小於0，NPV≥0，收益成本率不得小於1，B/CR≥1。(3)選擇最佳方案。內部收益率愈高愈好，淨利值愈大愈好，收益成本率愈高愈好。
差額分析法要根據兩方案有關項目(投資、銷售、收益、運營成本)的差額計算差額經濟效益指標，優勝劣汰，選出最佳方案。其計算步驟如下：(1)選擇基礎方案。入選標準為IRR>IRR。NPV≥0B/CR≥1，(2)任選一方案與基礎方案對比，計算其對應項目的差額。(3)計算差額的經濟效益評價指標，△IRR，△NPV，△B/CR，(4)按入選標準選擇優者，以較優方案作為下一輪差額分析的基礎方案。(5)重複(2)～(4)步驟，最後保留下來的方案，即為最佳方案。
