乾尼亞考古博物館內觀方濟各會（Franciscan）修道院的修道士勵精圖治，終於將主教堂恢復原貌。在土耳其統治時期，這裡被改成清真寺，後來再被改成電影院，在德國占領期間，這裡曾經用來儲存軍用物資。在二十世紀八十年代，經過一番修整後，這裡成為了考古博物館。
館內裝飾精美，藏品包括乾尼亞地區的考古發現，可以追溯到
新石器時代至遠古時期。
下列藏品特別值得注意：
米諾斯文明時期（公元前1450年）刻有線形文字A的殘片，希臘瑞典聯合考古隊在乾尼亞老城區的Agia Aikaterini廣場的考古發現，還有
希臘化時期（公元前三世紀）的精美珠寶，以及公元前幾百年的粘土小雕像，再有就是羅馬時期的小雕像和公元三世紀的馬賽克地板。
