內設機構
事務所
| 課
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九州地方環境事務所
| 總務課
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環境對策課
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國立公園·保全整備課
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野生生物課
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廢料再利用對策課
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管內事務所
九州地方環境事務所直轄;對馬自然保護官事務所、佐賀自然保護官事務所、五島自然保護官事務所、雲仙自然保護官事務所、天草自然保護官事務所、海老自然保護官事務所、鹿兒島自然保護官事務所、屋久島自然保護官事務所;
福岡事務所;
阿蘇自然環境事務所轄:苦汁自然保護官事務所;
那霸自然環境事務所轄:奄美自然保護官事務所、九重自然保護官事務所、沖繩南部自然保護官事務所、石垣自然保護官事務所、西表自然保護官事務所。
管內國立公園
雲仙天草國立公園
阿蘇九重國立公園