官署名。明朝五軍都督府之一。初分領在京留守中衛、神策衛、廣洋衛、應天衛、和陽衛、牧馬千戶所。永樂(1403-1424)後改廣洋衛隸南京中軍都督府,增蕃牧千戶所。並領在外直隸揚州衛、和州衛、高郵衛、淮安衛、鎮海衛、滁州衛、太倉衛、泗州衛、壽州衛、邳州衛、大河衛、沂州衛、金山衛、新安衛、蘇州衛、儀真衛、徐州衛、安慶衛、宿州千戶所及中都留守司、河南都司所領衛所、歸德衛、武平衛、鎮江衛及廬州衛、六安衛、徐州左衛、建陽衛、汝寧後千戶所、松江中千戶所、青村中前千戶所、南匯中後千戶所、嘉興中左千戶所、吳淞江千戶所、寶山千戶所、通州千戶所、泰州千戶所、劃河堡千戶所、崇明沙千戶所、興化千戶所、鹽城千戶所、東海千戶所、海州千戶所、營州千戶所。洪武十三年,始改都督府為五軍都督府。
五都督府,每府左、右都督,正一品。都督同知,從一品。都督僉事,正二品,恩功寄祿,無定員。其屬,經歷司,經歷,從五品。都事,從七品。各一人。
洪武十三年,始改都督府為五軍都督府,分領在京各衛所,惟錦衣等親軍,上直衛不隸五府。及在外各都司、衛所,以中軍都督府斷事官為五軍斷事官。十五年,置五軍十衛參軍府,設左、右參軍。十七年,五軍各設左、右斷事二人,提控案牘一人,並從九品二十三年,升五軍斷事官為正五品,總治五軍刑獄。分為五司,司設稽仁、稽義、稽禮、稽智、稽信五人,俱正七品,各理其軍之刑獄。二十九年,置五軍照磨所,專掌文牘。建文中,革斷事及五司官。永樂元年,設北京留守行後軍都督府,置左、右都督,都督同知,都督僉事,無定員,經歷、都事各一人。後又分五府,稱行在五軍都督府。十八年,除“行在”字,在應天者加“南京”字。洪熙元年,復稱行在,仍設行後府。宣德三年又革。正統六年,復除“行在”字。