中藥資源轉錄組分析操作指南

內容簡介

本書主要介紹了分子生藥學關鍵技術方法——重要資源轉錄組的理論、技術及研究方法。全書分為三篇：第一篇系統論述了藥用植物轉錄組研究的現狀和主要技術方法，並重點探討了基於同源基因功能分化的藥用植物活性成分變異機制，以及功能性EST-SSR標記的概念、優勢、套用範圍等；第二篇全面介紹了藥用植物轉錄組的操作流程，包括轉錄組數據的組裝、基因克隆及表達分析、資料庫使用及生物信息學分析、SSR標記開發等；第三篇主要介紹了藥用植物與真菌轉錄組研究的參考範例。

本書從理論、技術、實際套用的角度全面介紹了藥用植物轉錄組這一關鍵技術方法，同時提供了可操作性強的實驗指導。本書不僅可以作為醫藥院校生藥專業、中醫院校中藥專業的本科生、研究生及教師的實驗教學用書，也可作為相關科研人員的參考書。

圖書目錄

第一篇理論篇

一、中藥資源轉錄組概述3

（一）轉錄組的研究目標3

（二）轉錄組的研究方法5

（三）中藥資源轉錄組研究現狀5

（四）中藥資源轉錄組研究展望12

二、同源基因功能分化與活性成分變異機制22

（一）同源基因的正確注釋是研究藥用植物活性成分

變異的重要前提22

（二）重複基因的功能分化是形成藥用植物活性成分

變異的基礎24

（三）藥用植物基因功能分化決定其活性成分的變異26

三、功能性ESTSSR標記31

（一）功能性ESTSSR的基本概念31

（二）功能性ESTSSR的開發流程32

（三）功能ESTSSR的優勢35

（四）功能性ESTSSR標記在中藥資源中的套用36

（五）藥用植物功能性ESTSSR標記展望38

〖〗第二篇技術篇

一、轉錄組數據的組裝43

實驗一樣品收集與保存43

實驗二RNA提取44

實驗三mRNA分離純化47

實驗四Solexa文庫製備49

實驗五上機測序53

實驗六轉錄組數據組裝59

實驗七轉錄組數據功能注釋61

二、基因克隆及表達分析64

實驗八基因克隆64

實驗九基因表達分析71

實驗十共表達分析80

三、資料庫使用及生物信息學分析84

實驗十一核酸資料庫及其使用84

實驗十二蛋白質資料庫及其使用91

實驗十三代謝資料庫及其使用96

實驗十四文獻資料庫及其使用101

實驗十五NCBI序列數據的提交104

實驗十六多序列對位排列分析109

實驗十七系統發育分析112

實驗十八核酸序列的分析和轉換117

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