1989年4月，為適應青島市經濟社會發展和城市對外開放的需要，青島機場邊防檢查站開始籌建。
1990年6月正式建站，現今擔負著青島至日本、青島至韓國、青島至香港、青島至台灣13條國際及地區間客貨航線的出入境邊防檢查任務，依據國家法律、法規對經青島流亭國際機場的出入境人員及其行李物品、交通運輸工具及其載運的貨物實施邊防檢查。
青島機場邊防檢查站2007至2009連續三年被公安部表彰為提高邊檢服務水平成績突出單位；2010年，國務委員、公安部部長孟建柱同志簽署命令，為青島機場邊防檢查站榮記集體二等功；2009年被多國海軍活動領導小組表彰為保障工作突出貢獻單位;2008年被北京奧組委表彰為青島奧帆賽殘奧帆賽特殊貢獻單位；在青島市口岸通關環境測評中，服務質量始終名列空港口岸首位。在建設發展歷程中，該站還湧現出了集全國婦聯“三八紅旗集體”、“巾幗文明示範崗”、共青團中央“青年文明號”三個國家級榮譽稱號於一身的女性英雄集體——青島機場邊防檢查站女子旅檢科。
