中華人民共和國萬州海關隸屬於中華人民共和國重慶海關，是重慶海關隸屬機構。
主要職責：
（一）監控研判本關各類執法風險、管理風險和廉政風險並組織防範和化解，負責黨的基層組織建設、幹部隊伍建設、財務管理等日常管理工作。
（二）承擔轄區進出境運輸工具、貨物、物品、動植物及其產品、食品、化妝品和人員的單證審核、稅收征管、保稅監管等海關現場綜合業務工作。
（三）承擔轄區進出境運輸工具、貨物、物品、動植物及其產品、食品和化妝品的海關查驗、檢驗、檢疫工作。
（四）承擔本轄區的物流監管。
（五）承擔轄區海關監管作業場所（場地）、專業類場所（場地）及保稅監管場所的實際監管。
（六）承擔轄區企業管理工作。
（七）承擔轄區企業稽查、核查、貿易調查、市場調查等後續監管工作。
（八）承擔轄區行政處罰簡易程式案件、簡單案件。
（九）承辦重慶海關交辦的其他工作，反饋執法作業結果。
