福建海事局為正局級建制，隸屬交通運輸部，下轄一個副局級建制廈門海事局、六個正處級建制分支海事局（寧德、福州、平潭、莆田、泉州、漳州海事局）、一個正處級建制通信中心和一個正處級建制服務中心。
機構設定,職能,
機構設定
福建海事局內設通航管理處、指揮中心、船舶監督處、船員管理處、危管防污處、船檢管理處、安全管理體系審核辦公室、法規規範處、辦公室、人事教育處、財務會計處、計畫基建處、審計處、規費征稽處、信息化工作辦公室、黨委工作部、紀檢監察處、工會、海事發展戰略研究中心、船員考試中心20個處室。
職能
（1）貫徹和執行國家海洋管理、環境保護、水上交通安全、航海保障、船舶和水上設施檢驗方面的法律、法規和規範，實施有關多邊與雙邊國際條約，結合本轄區實際情況，制訂實施細則，並監督執行；
（2）按照授權，負責制定航運公司、船舶檢驗機構、引航機構、船員服務機構、船員培訓機構、船舶等的安全與防污染資質、技術標準；負責對相關機構及船舶所有人、經營人實施有關法律、法規、國際公約的指導與管理工作；
（3）負責轄區沿岸國管理、海區（或水域）巡邏、通航環境管理與通航秩序維護、水上水下施工作業審核及監督管理、錨地和重要水域劃定、港區岸線使用審核、航行警（通）告發布等管理工作；
（6）負責轄區口岸海事管理工作和轄區內外國籍船舶管理工作；
（7）負責船舶裝運危險貨物和其他貨物安全監督、防止船舶污染水域監督等管理工作；
（8）按照授權，負責轄區航運公司安全監管和安全與防污染管理體系審核發證工作；
（9）按照授權，負責轄區船舶及水上設施檢驗監督管理工作；
（11）按照授權，負責船員培訓機構和船員服務機構的監督管理工作；
（12）負責轄區水上交通事故、污染事故處置及調查處理的管理工作；
（13）按照授權，負責福建省海上搜救中心和福建省溢油應急指揮部的日常工作；負責船舶安全與防污染相關預防、應急管理工作；
（14）負責對違反海上交通管理秩序等違法案件的調查處理的管理工作；
（15）按照授權，管理轄區水上安全通信工作；
（16）負責轄區海事涉台管理工作；
（17）負責轄區內海事交通戰備管理工作；
（18）負責管理規劃計畫、基本建設、財務會計、固定資產、規費徵收、幹部人事、勞動工資、技術裝備、科技教育、政務信息、黨群、審計、紀檢監察、安全保衛、精神文明建設、宣傳等工作；
